Im Mai 1999, während der Kosovo-Krise, wurde die chinesische Botschaft in Belgrad fälschlicherweise von der NATO bombardiert und löste große antiamerikanische Demonstrationen in Peking aus. Im selben Monat wurde China von den Vereinigten Staaten beschuldigt, Geheimnisse des nuklearen Designs gestohlen zu haben, die es ihm ermöglichten, sein Waffenprogramm erheblich zu beschleunigen. Dennoch wurde im November ein Handelsabkommen mit den Vereinigten Staaten unterzeichnet, das zur chinesischen Mitgliedschaft (2001) in der Welthandelsorganisation führte. Ebenfalls im November erweiterte China sein Weltraumprogramm mit dem Teststart einer unbemannten Raumkapsel.,
Die Beziehungen zu den USA wurden im April erneut angespannt., 2001, nach einem chinesischen Kämpfer und US-Aufklärungsflugzeug kollidierten mitten in der Luft, die Tötung der chinesische pilot. Drei Monate später unterzeichneten Russland und China einen Freundschafts-und Kooperationsvertrag, der teilweise eine Reaktion auf die Waffenverkäufe der GW Bush-Regierung an Taiwan und die Entwicklung eines ballistischen Raketenabwehrsystems zu sein schien.
Die kommunistische Partei Chinas begann 2001 einen weiteren Übergang, sowohl in ihrer Mitgliedschaft als auch in ihrer Führung., In diesem Jahr forderte Jiang Zemin die Partei auf, Geschäftsleute als Mitglieder zu rekrutieren, und erklärte in der Doktrin der drei Parteien, dass die Partei neben Arbeitern und Bauern auch Kapitalisten vertreten muss. Im folgenden Jahr trat Jiang als Parteichef zurück und wurde durch Hu Jintao ersetzt. Hu ersetzte Jiang 2003 als Präsident und Wen Jiabao wurde Premierminister. Jiang blieb jedoch äußerst einflussreich, sowohl in der Partei als auch in der Regierung, und behielt seinen Vorsitz der mächtigen nationalen und Parteimilitärkommissionen bis September., 2004.,
Der Umgang der Regierung mit einem SARS-Ausbruch (Severe acute Respiratory Syndrome), der 2003 in Sars begann, hat dem internationalen Image der Nation geschadet, als der Ausbruch nicht gemeldet (und dann unterreportiert) wurde, wodurch er sich leichter ausbreiten konnte. Schwere Maßnahmen, die später eingeleitet wurden, um die Krankheit einzudämmen, verletzten den Dienstleistungssektor der Wirtschaft, aber bis Ende 2003 hatte China eine robuste Wachstumsrate von mehr als 9% und einen großen städtischen Bauboom erlebt, der zum Teil auf die Migration von Landbewohnern in die Städte zurückzuführen war (22 Städte hatten mehr als 2 Millionen Einwohner)., Im Jahr 2003 unterzeichneten China und Indien einen Grenzpakt, der eine schrittweise Verbesserung ihrer Beziehungen darstellte, und zwei Jahre später forderte ein neues Abkommen die Beilegung von Grenzfragen zwischen den beiden Nationen. Auch im Jahr 2003 wurde ein Handelspakt unterzeichnet, der Hongkonger Unternehmen einen besseren Zugang zu den chinesischen Märkten ermöglicht. Im Okt. Im Jahr 2003 wurde China die dritte Nation, die einen Astronauten in die Umlaufbahn brachte, als Shenzhou 5 mit Yang Liwei gestartet wurde.,
Das anhaltend kräftige Wirtschaftswachstum im Jahr 2004 veranlasste die Regierung, eine Reihe von Maßnahmen zur Verlangsamung des Wachstums durchzuführen, um die Inflation zu kontrollieren und Überinvestitionen zu reduzieren. Auch im Jahr 2004 wurden die Beziehungen zu Taiwan durch die Wiederwahl von Chen Shui-bian, der Taiwan aufgefordert hatte, die formelle Unabhängigkeit von China als Präsident der Insel zu erklären, angespannter. Im März. 2005 verabschiedete China ein Antisekessionsgesetz, das die Anwendung von Gewalt forderte, wenn friedliche Mittel die Wiedervereinigung mit Taiwan nicht herbeiführten; Das Gesetz löste Proteste in Taiwan aus., Gleichzeitig begrüßte China Besuche taiwanesischer Oppositionsführer, die sich versprachen, weniger konfrontative Ansätze für die Beziehungen zum Festland zu verfolgen.
Anfang 2005 kam es auch zu verstärkten Spannungen mit Japan darüber, wie japanische Aktionen während des Zweiten Weltkriegs in japanischen Lehrbüchern behandelt wurden, über die mögliche Ernennung Japans zu einem ständigen Sitz des UN-Sicherheitsrates und über eine umstrittene ausschließliche Wirtschaftszone im Ostchinesischen Meer. Die Probleme lösten teilweise zerstörerische Demonstrationen in China aus. Inzwischen, im November., 2004 unterzeichnete China ein Freihandelsabkommen mit der Vereinigung südostasiatischer Nationen (ASEAN); Im Rahmen des Abkommens werden Zölle auf viele Waren mit den reicheren ASEAN-Mitgliedern bis 2010 und mit dem Rest bis 2015 beseitigt. Der Handel war auch ein Problem mit den Vereinigten Staaten, die Anfang 2005 (und später) China aufforderten, seine Währung wegen seiner großen Handelsungleichgewichte mit China neu zu bewerten, dessen Wirtschaft im folgenden Jahr ihr boomendes Wachstum fortsetzte., Die Spannungen mit Taiwan und Japan setzten sich auch in 2006 fort, und die Regierung wurde zunehmend besorgt über das Ungleichgewicht zwischen dem reicheren städtischen und dem ärmeren ländlichen China, das seit der Jahrhundertwende noch ausgeprägter geworden war und eine wachsende Anzahl von manchmal gewalttätigen Demonstrationen auslöste. Shanghais lokaler Führer der Kommunistischen Partei, der auch Mitglied des Politbüros war, wurde im September entlassen., 2006, für Korruption, aber der Schritt wurde weitgehend als eine Konsolidierung der Macht von Präsident Hu eher als ein konzertierter Versuch, korrupte Beamte auszusondern gesehen.,
Nordkoreas Test einer Atomwaffe im Oktober., 2006, hob Chinas komplexe Beziehungen zu seinem nordöstlichen Nachbarn hervor. Obwohl China allgemein als mehr Einfluss angesehen wird als jede andere Nation mit Nordkorea und dem Test widersprochen hat, konnte es dies nicht verhindern. Besorgt über die Instabilität auf der koreanischen Halbinsel und einen möglichen Zustrom koreanischer Flüchtlinge nach Nordchina unterstützte China eine Resolution, in der Nordkorea verurteilt und Sanktionen verhängt wurden, äußerte jedoch Vorbehalte gegen die Durchsuchung nordkoreanischer Schiffe und anderen Handelsverkehrs., China hat jedoch den Norden unter Druck gesetzt, einen zweiten Atomtest durchzuführen.
Die Handelsbeziehungen mit den USA wurden 2007 erneut problematisch. Nach einem extrem starken Wirtschaftswachstum im Jahr 2006, das zu einem enormen Handelsüberschuss und Devisenreserven Chinas beitrug, führten die Vereinigten Staaten unter wachsendem Inlandsdruck Zölle auf einige chinesische Waren ein und behaupteten, die Waren seien illegal subventioniert worden. China prangerte den Schritt an, der zum Teil darauf zurückzuführen zu sein schien, dass China nicht bereit war, seine Währung schneller aufzuwerten., Im Mai 2007 kündigte China an, die Beschränkungen für die tägliche Fluktuation seiner Währung ein wenig zu lockern, ein weitgehend symbolischer Schritt. Die Beziehungen zu den Vereinigten Staaten wurden auch durch einen erfolgreichen chinesischen Antisatellitenwaffentest (Jan., 2007), was darauf hindeutete, dass China US-Navigations-und Kommunikationssatelliten lähmen könnte, wenn die Amerikaner Taiwan im Falle eines chinesisch-taiwanesischen Krieges unterstützen würden.