DNA microarray (Čeština)

• Přezkoumány Dr. Tomislav Meštrović, MD, Ph.d.

  microarray je nedávno vyvinuté technologie používané ve výzkumu rakoviny a při farmakologické léčbě jiných onemocnění, jako jsou léze v dutině ústní. V této technologii se používá sklíčko mikroskopu (obvykle 2D pole ze skla, křemíkových čipů nebo nylonové membrány) potištěné tisíci minutovými skvrnami v určitých polohách.

  ©Dandre Nante/ .,com

  DNA microarray (genový čip, DNA čip nebo biochip) je jedna taková technologie, která buď měří DNA, nebo používá DNA jako součást svého detekčního systému. V každém z míst v tomto poli je uspořádána známá sekvence DNA nebo gen.

  celkově mohou být vzorky všech genomů organismu přítomny v jediném snímku. Počítačová databáze se pak používá k záznamu umístění a posloupnosti každého místa. Tyto sekvence DNA jsou vzájemně porovnávány, aby získaly potřebné informace., Tato technika umožňuje výzkumníkům zkoumat a analyzovat expresi tisíců genů v jedné reakci a řešení problémů, které jsou věřil být nontraceable.

  princip a technika

  základním principem DNA mikroarray je „hybridizace nukleových kyselin“. V tomto procesu jsou dva komplementární prameny DNA spojeny vodíkovými vazbami za vzniku dvojvláknové molekuly. To pomáhá vědcům porovnávat a analyzovat molekuly DNA nebo RNA identických sekvencí.,

  tato technika se skládá ze tří hlavních sekcí:

  1. Příprava DNA čipu
  2. pokus
  3. Sběr a analýzu výsledků
  • Příprava DNA čipu a experimentovat

  Několik metod, které se používají k přípravě spatřen pole. V některých případech jsou již navržené sondy, které jsou připevněny k jemným jehlům, vytištěny na povrchu chemické matrice pomocí robota (povrchové inženýrství). Fotoaktivovaná chemie a maskování se také používají k výrobě sond a ty lze také zakoupit v obchodech.,

  postup reakce dna microarray probíhá v několika krocích:

  1. odběr vzorků – vzorek může být v tomto případě definován jako buňka / tkáň organismu, na které chceme studii provést. Odebírají se dva typy vzorků: zdravé buňky a infikované buňky pro srovnání a získání výsledků.
  2. izolace mRNA – RNA se extrahuje ze vzorku pomocí sloupce nebo rozpouštědla, jako je fenol-chloroform. Z extrahované RNA je mRNA oddělena a zanechává za sebou rRNA a tRNA., Jako mRNA má Poly-ocas, sloupcové korálky s Poly-T-ocasy se používají k vázání mRNA. Po extrakci se sloupec opláchne pufrem, aby se izolovala mRNA od korálků. Buffer narušuje hybridní vazby mezi mRNA a korálky narušení pH.
  3. Vytvoření značené cDNA – vytvořit cDNA (komplementární DNA), reverzní transkripce mRNA je hotovo. Oba vzorky jsou pak začleněny s různými fluorescenčními barvivy pro výrobu fluorescenčních cDNA pramenů. To pomáhá při rozlišování vzorkové Kategorie cDNAs.,
  4. Hybridizace – označené cDNAs z obou vzorků jsou umístěny v DNA microarray tak, že každá cDNA dostane křížený jeho komplementární pramen; oni jsou také důkladně umýt odstranit nespoutaný sekvence.
  • Sběr a analýza

  sběr dat se provádí pomocí microarray scanner. Tento skener se skládá z laseru, počítače a kamery. Laser vzrušuje fluorescenci cDNA a generuje signály.

  když laser skenuje pole, kamera zaznamenává vytvořené snímky., Poté počítač uloží data a okamžitě poskytne výsledky. Takto vytvořená data jsou pak analyzována. Rozdíl v intenzitě barev pro každé místo určuje charakter genu v tomto konkrétním místě.,drahé

• pole poskytují nepřímé měření relativní koncentrace
• Zvláště u složitých savčí genomy, to je často obtížné navrhnout pole, ve kterém více souvisejících DNA/RNA sekvencí se nemusíte vázat na stejné sondy na poli
• DNA pole je možné detekovat pouze sekvence, které pole byl navržen tak, aby detekovat.

Další Čtení

• Sekvenování DNA Obsahu
• Sekvenování DNA
• DNA Sekvence Shromáždění
• High-propustnost Technik Sekvencování DNA,
• Shotgun Sekvenování