Profesor Winthrop byl jeden z předních mužů vědy v Americe v 18. století, a jeho dopad na jeho začátku předem v Nové Anglii byl obzvláště významný. Benjamin Franklin I Benjamin Thompson (hrabě Rumford) pravděpodobně dlužili velkou část svého raného zájmu o vědecký výzkum jeho vlivu. On také měl rozhodující vliv na rané filozofické vzdělání Johna Adamse během posledně jmenovaného času na Harvardu., Pravidelně korespondoval s Královskou společností v Londýně-jako takový byl jedním z prvních amerických intelektuálů, který byl v Evropě brán vážně. V roce 1768 byl zvolen do oživené Americké filozofické společnosti. On byl známý pro pokoušet se vysvětlit, velké Lisabonské zemětřesení v roce 1755 jako vědecko—spíše než náboženské—jev a jeho aplikace pro matematické výpočty na seismickou aktivitou po velkém zemětřesení vznikla na základě tvrzení jeho jménem jako zakladatel vědy o seismologie., Navíc pozoroval průchody Merkuru v letech 1740 a 1761 a cestoval do Newfoundlandu, aby pozoroval tranzit Venuše. Cestoval na lodi, kterou poskytla provincie Massachusetts-pravděpodobně první vědecká expedice, kterou kdy vyslal jakýkoli začínající americký stát.
působil jako úřadující prezident Harvardu v roce 1769 a znovu v roce 1773, ale pokaždé odmítl nabídku plného předsednictví z důvodu stáří., Během devíti měsíců v 1775-1776, když Harvard přesunul do Concordu, Massachusetts, Winthrop obsadil dům, který by se stal slavným jako Na Koleji, doma se Louisa May Alcott a Nathaniel Hawthorne. Navíc, on byl aktivně zajímají o veřejné záležitosti, bylo na několik let soudce závěti v Middlesex County, byl členem místodržitelského Rady v 1773-74, a následně nabídl váha jeho vliv na vlastenecké protože v Revoluci. Publikoval:
- přednáška o zemětřesení (1755)
- odpověď panu., Princův dopis o zemětřesení (1756)
- účet některých ohnivých meteorů (1755)
- dvě přednášky o paralaxy (1769)