CRISPR/Cas9 nukleázami byly široce používány pro editování genomu různých organismů. Cas9 nukleázami komplexu s guide RNA (Cas9-gRNA) zjišťují, že jejich cíle skenování a vyslýchat genomické DNA sekvence, které jsou komplementární k gRNA., Rozpoznání cílové sekvence DNA vyžaduje krátký protospacer sousední motiv (PAM) umístěný mimo tuto sekvenci. Vzhledem k tomu, že účinnost cílové umístění může záviset na síle interakcí, které podporují cíl uznání, zde jsme se snažili porovnat spřízněnost různých Cas9 nukleázami pro jejich příbuzný PAM sekvence., Za tímto účelem, jsme měřili afinity Cas9 nukleázami ze Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, a Francisella novicida komplexu s guide Rna (gRNAs) (SpCas9-gRNA, SaCas9-gRNA, a FnCas9-gRNA, respektive) a tří umělých SpCas9-gRNA varianty se změněnou PAM specifika pro krátké, PAM-obsahující DNA sondy. Použili jsme test „beacon“, který měří relativní afinity DNA sond určením jejich schopnosti kompetitivně ovlivnit rychlost vazby Cas9-gRNA na fluorescenčně značené cílové deriváty DNA nazývané „Cas9 beacons“.,“Pozorovali jsme významné rozdíly v příslušnosti pro příbuzný PAM sekvence mezi sledované Cas9 enzymy. Relativní afinity SpCas9-gRNA a jeho modifikovaných variant pro kanonické a suboptimální PAMs v korelaci s předchozími poznatky o účinnosti těchto PAM sekvencí v genomu úpravy. Tato zjištění naznačují, že vysoká afinita nukleázy Cas9 pro její cognate PAM podporuje vyšší účinnost úpravy genomu.