DNA microarray (Dansk)

• Gennemgået af Dr. Tomislav Meštrović, MD, Ph. D.

  microarray er en nylig udviklet teknologi, der anvendes i kræftforskning og i den farmakologiske behandling af andre sygdomme, såsom orale læsioner. I denne teknologi bruges et mikroskopglas (normalt et 2D-array lavet af glas, siliciumchips eller nylonmembran) trykt med tusinder af små pletter i bestemte positioner.

  ©DAndre Nante/ .,com

  DNA-mikroarray (genchip, DNA-chip eller biochip) er en sådan teknologi, der enten måler DNA eller bruger DNA som en del af dets detektionssystem. I hvert af pletterne i dette array er en kendt DNA-sekvens eller gen ordnet arrangeret.

  i alt kan prøverne af alle genomer af en organisme være til stede i et enkelt dias. En computer database bruges derefter til at registrere placeringen og sekvensen af hvert sted. Disse DNA-sekvenser sammenlignes med hinanden for at få den nødvendige information., Denne teknik gør det muligt for forskere at undersøge og analysere ekspressionen af tusindvis af gener i en enkelt reaktion og løse problemer, der menes at være ubehagelige.

  Princip og Teknik

  Det grundlæggende princip bag DNA-microarray er “nukleinsyre hybridisering”. I denne proces er to komplementære strenge af et DNA sammenføjet af hydrogenbindinger for at danne et dobbeltstrenget molekyle. Dette hjælper forskere med at sammenligne og analysere DNA-eller RNA-molekylerne i identiske sekvenser.,

  Den teknik, der består af tre hovedafsnit:

  1. Forberedelse af en DNA-chip
  2. eksperimentet
  3. Indsamling og analyse af resultater
  • Forberedelse af DNA-chip og eksperimentere

  der findes Flere metoder, der anvendes til at forberede en plettet array. I nogle tilfælde udskrives allerede designede prober, der er fastgjort til fine nåle, på en kemisk Matri surfaceoverflade ved hjælp af en robot (overfladeteknik). Fotoaktiveret Kemi og maskering bruges også til at fremstille prober, og disse kan også købes fra butikker.,

  reaktionsproceduren for DNA – mikroarray finder sted i flere trin:

  1. indsamling af prøver-en prøve kan i dette tilfælde defineres som den celle / væv i organismen, som vi ønsker at gennemføre undersøgelsen på. To typer prøver indsamles: sunde celler og inficerede celler, til sammenligning og for at opnå resultaterne.
  2. isolering af mRNA-RNA ekstraheres fra prøven ved hjælp af en søjle eller opløsningsmiddel som phenol-chloroform. Fra det ekstraherede RNA adskilles mRNA, hvilket efterlader rRNA og tRNA., Da mRNA har en poly-A hale, bruges kolonneperler med poly-T-haler til at binde mRNA. Efter ekstraktionen skylles søjlen med buffer for at isolere mRNA fra perlerne. Buffer forstyrrer hybridbindingerne mellem mRNA og perler ved at forstyrre pH.
  3. oprettelse af mærket cDNA – for at oprette cDNA (komplementær DNA-streng) udføres omvendt transkription af mRNA. Begge prøverne inkorporeres derefter med forskellige fluorescerende farvestoffer til fremstilling af fluorescerende cDNA-strenge. Dette hjælper med at skelne stikprøven kategori af cDNAs.,
  4. hybridisering-de mærkede cDNA ‘ er fra begge prøverne placeres i DNA-mikroarrayet, så hver cDNA bliver hybridiseret til sin komplementære streng; de vaskes også grundigt for at fjerne ubundne sekvenser.
  • Indsamling og analyse

  indsamlingen af data sker ved hjælp af en microarray-scanner. Denne scanner består af en laser, en computer og et kamera. Laseren ophidser fluorescens af cDNA, genererer signaler.

  når laseren scanner arrayet, optager kameraet de producerede billeder., Derefter gemmer computeren dataene og giver resultaterne med det samme. De således producerede data analyseres derefter. Forskellen i intensiteten af farverne for hvert sted bestemmer genets karakter i det pågældende sted.,dyre

• arrays giver et indirekte mål for den relative koncentration
• Især for komplekse pattedyrs genomer, det er ofte vanskeligt at designe arrays, hvor flere relaterede DNA – /RNA-sekvenser ikke binde sig til de samme sonde på array
• EN DNA-array kan kun registrere sekvenser, der array var designet til at opdage

Yderligere Læsning

• Alle DNA-Sekventering Indhold
• DNA-Sekventering
• DNA-Sekvens Forsamling
• High-throughput DNA-Sekventering Teknikker
• Shotgun Sekventering