Den første nationale flag i Peru blev oprettet i 1820, da José de San Martín ankom med sin Hær af Andesbjergene fra Argentina og Chile., Det peruvianske flag, han designede, kombinerede farverne rød og hvid, siges at være valgt, fordi San Mart .n så en flok flamingoer tage fløj ved hans ankomst. Formen af flaget var usædvanligt-en diagonal division danner to hvide og to røde trekanter med et våbenskjold i midten. Da lokale uafhængighedspartisaner etablerede sig, blev et andet flag vedtaget den 15. marts 1822., Ligheden af dette flag (samme rød-hvide-røde vandrette striber med en rød sol, den traditionelle emblem i Inka-riget, i centrum) til, at Spanien har skabt forvirring, og det blev snart ændret (31 Maj) til et flag med lodrette striber, men solen emblem forblev i centrum.
den 25.februar 1825 blev det design, der nu er i brug, etableret. De Rød-hvid-røde lodrette striber fra det forrige flag blev bevaret, men solen blev erstattet af et nyt våbenskjold. Dens skjold er indrammet af en krans (af palme-og laurbærgrene) og overvundet af en anden., Skjoldet er opdelt i tre dele med figurer, der symboliserer national stolthed og rigdom. De vicuña, en free-roaming camelid tæt knyttet til lama og alpaca, er repræsenteret i den første indkvartering; udover at repræsentere rigdom af Peruvianske fauna, der står for frihed, national stolthed, og heltemod. Den anden kvart har et cinchona-træ, hvis bark bruges til at fremstille kinin. Endelig viser den nederste halvdel af skjoldet et overflødighedshorn, hvorfra der spildes guld-og sølvmønter, symbolisk for nationens mineralrigdomme., Derudover siges flagens hvide stribe at repræsentere renhed, og den røde minder om patriots blod. Som i en række andre lande viser det civile flag, der flyves af private borgere, kun striberne, idet våbenskjoldet er forbeholdt flag, der tjener officielle (dvs.statslige) formål.