Professor Professorinthrop var en af de førende mænd inden for videnskab i Amerika i løbet af det 18.århundrede, og hans indflydelse på dets tidlige fremskridt i Ne. England var særlig betydelig. Både Benjamin Franklin og Benjamin Thompson (Count Rumford) sandsynligvis skylder meget af deres tidlige interesse i videnskabelig forskning til hans indflydelse. Han havde også en afgørende indflydelse i den tidlige filosofiske uddannelse af John Adams under sidstnævnte tid på Harvard., Han korresponderede regelmæssigt med Royal Society i London—som sådan var han en af de første amerikanske intellektuelle, der blev taget alvorligt i Europa. Han blev valgt til det genoplivede American Philosophical Society i 1768. Han var kendt for at forsøge at forklare den store Lissabon jordskælvet i 1755 som en videnskabelig—snarere end religiøst fænomen, og hans anvendelse af matematiske beregninger til at jordskælvet aktivitet efter det store jordskælv, der dannede grundlag for den påstand, på hans vegne som grundlæggeren af videnskaben om seismologi., Derudover observerede han transitterne af Merkur i 1740 og 1761 og rejste til ne .foundland for at observere en transit af Venus. Han rejste i et skib leveret af provinsen Massachusetts—sandsynligvis den første videnskabelige ekspedition nogensinde sendt ud af en begyndende amerikansk stat.
han fungerede som fungerende præsident for Harvard i 1769 og igen i 1773, men afviste hver gang tilbuddet om det fulde formandskab på grund af alderdom., I løbet af de ni måneder i 1775-1776 når Harvard flyttet til Concord, Massachusetts, Winthrop besatte hus, der senere skulle blive berømt som Vejen, hjem til Louisa May Alcott og Nathaniel Hawthorne. Derudover var han aktivt interesseret i offentlige anliggender, var i flere år dommer i skifteretten i Middlese.County, var medlem af guvernørens Råd i 1773-74 og tilbød efterfølgende vægten af hans indflydelse på den patriotiske sag i revolutionen. Han offentliggjorde:
- forelæsning om jordskælv (1755)
- svar til hr., Prinsens brev om jordskælv (1756)
- højde for nogle brændende meteorer (1755)
- to foredrag om Paralla theen (1769)