CRISPR/Cas9 nucleaser har været almindeligt anvendt til genom-redigering i forskellige organismer. Cas9 nukleaser kompleksbundet med et guide RNA (Cas9-gRNA) finder deres mål ved at scanne og forhøre det genomiske DNA for sekvenser komplementære til gRNA., Genkendelse af DNA-målsekvensen kræver en kort protospacer tilstødende motiv (PAM) placeret uden for denne sekvens. I betragtning af, at effektiviteten af målets placering kan afhænge af styrken af interaktioner, der fremmer målet anerkendelse, vi her forsøgt at sammenligne tilhørsforhold af forskellige Cas9 nucleaser for deres beslægtede PAM-sekvenser., Til dette formål har vi målt tilhørsforhold af Cas9 nucleaser fra Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, og Francisella novicida kompleks med guide Rna (gRNAs) (SpCas9-gRNA, SaCas9-gRNA, og FnCas9-gRNA, henholdsvis) og af tre manipuleret SpCas9-gRNA varianter med ændrede PAM særlige forhold for korte, PAM-indeholdende DNA-prober. Vi brugte et” beacon “-assay, der måler de relative affiniteter af DNA-prober ved at bestemme deres evne til konkurrencedygtigt at påvirke hastigheden af Cas9-gRNA-binding til fluorescerende mærkede mål-DNA-derivater kaldet ” Cas9 beacons.,”Vi observerede betydelige forskelle i affiniteterne for beslægtede PAM-sekvenser blandt de studerede Cas9-en .ymer. De relative affiniteter af SpCas9-gRNA og dens konstruerede varianter til kanoniske og suboptimale PAMs korrelerede med tidligere fund om effektiviteten af disse PAM-sekvenser i genomredigering. Disse fund antyder, at høj affinitet af en Cas9-nuklease for dens kognate PAM fremmer højere genomredigeringseffektivitet.