Un Missouria guerrero en la izquierda, la pintura por Karl Bodmer
Restos de la Missouria Old Fort en Van Meter State Park
La tribu de la historia oral cuenta que una vez vivió en el norte de los Grandes Lagos. Comenzaron a migrar hacia el sur en el siglo XVI. En 1600, los Missouria vivían cerca de la confluencia de los ríos Grand y Missouri, donde se establecieron a través del siglo 18., Su tradición dice que se separaron de la tribu Otoe, que pertenece a la misma rama Chiwere de la lengua Siouan, debido a una historia de amor entre los hijos de dos jefes tribales.
el siglo XVII trajo dificultades a la Missouria. El Sauk y el Zorro los atacaban con frecuencia. Su sociedad se vio aún más perturbada por las altas muertes por epidemias de viruela y otras enfermedades infecciosas euroasiáticas que acompañaron el contacto con los europeos. El explorador francés Jacques Marquette contactó a la tribu en 1673 y allanó el camino para el comercio con los franceses.,
Los Missouria migraron al oeste del río Misuri hacia el territorio de Osage. Durante este tiempo, adquirieron caballos y cazaron búfalos. El explorador francés Étienne de Veniard, Sieur de Bourgmont visitó el pueblo en la década de 1720. Se casó con la hija de un Missouria jefe. Se establecieron cerca, y Veniard creó alianzas con la gente. Construyó Fort Orleans en 1723 como un puesto comercial cerca de la actual Brunswick, Misuri. Fue ocupada hasta 1726.
en 1730 un ataque de la tribu Sauk/Fox casi destruyó la Missouria, matando a cientos., La mayoría de los sobrevivientes se reunieron con Otoe, mientras que algunos se unieron a Osage y Kansa. Después de un brote de viruela en 1829, menos de 100 Missouria sobrevivieron, y todos se unieron a la Otoe.
firmaron tratados con el Gobierno de Estados Unidos en 1830 y 1854 para ceder sus tierras en Missouri. Se trasladaron a la reserva Otoe-Missouria, creada en el río Big Blue en la frontera entre Kansas y Nebraska. Los Estados Unidos presionaron a las dos tribus para que cedieran más tierras en 1876 y 1881.
en 1880 las tribus se dividieron en dos facciones, El Coyote, que eran tradicionalistas, y los cuáqueros, que eran asimilacionistas., El Coyote se estableció en la reserva de Iowa en territorio indio. Los cuáqueros negociaron una pequeña reserva separada en territorio indio. En 1890 la mayoría de la banda de coyotes se reincorporó a los cuáqueros en su reserva. En virtud de la Ley Dawes, en 1907 los miembros de las tribus estaban registrados y se les asignaban parcelas individuales de tierra por hogar. Los EE.UU. declararon cualquier exceso de tierra comunal de la tribu como «excedente» y la vendieron a los colonos europeos-americanos. La tribu se fusionó con la Tribu Otoe.,
La Ley Curtis requirió la disolución de los tribunales tribales y los gobiernos con el fin de asimilar al pueblo y preparar el territorio para la estadidad, pero la tribu creó su propio sistema judicial en 1900. Los Missouria eran principalmente agricultores a principios del siglo 20. Después de que se descubrió petróleo en sus tierras en 1912, el Gobierno de los Estados Unidos obligó a muchos de la tribu a abandonar sus parcelas.