Andrés Ruzo, un científico geotérmico, ha investigado la fuente del calor. Inicialmente aprendió de él cuando era niño de su abuelo. El río mantiene su alta temperatura a pesar de no estar cerca de ningún volcán activo conocido o respiraderos geotérmicos, que normalmente proporcionan calefacción geotérmica para el agua subterránea. A pesar de su naturaleza única, National Geographic la ha descrito como una característica completamente natural: una característica geotérmica no volcánica que fluye a tasas anómalas altas. La teoría predominante para la fuente de este calor es del gradiente geotérmico de la Tierra., Al estar más cerca del manto de la Tierra, el agua subterránea tiende a tener una temperatura más alta que el agua superficial. La teoría es que el agua de lluvia cae sobre la superficie de la Selva Amazónica y encuentra fallas profundamente arraigadas donde viaja hacia la corteza. El agua se calienta de acuerdo con el gradiente geotérmico. Entonces es probable que se alimenta a la superficie de la Tierra a través de aguas termales alimentadas por fallas que actúan para calentar el río a través de su tramo.