Les êtres humains naissent avec un désir inné, plus facilement observé dans la petite enfance, d’enquêter sur ce qui se trouve exactement à l’intérieur de leur nez. Pour ceux d’entre nous qui grandissent pour devenir des microbiologistes cliniques ou des préventionnistes des infections, certains étendent cet intérêt au nez des autres. Alors que beaucoup de gens pourraient se demander pourquoi voudriez-vous faire cela, la question qui vient à l’esprit du microbiologiste clinique est: Quelle méthode dois-je utiliser?
pourquoi dépister le port Nasal du SARM?,
environ 5 à 10% des personnes aux États-Unis sont colonisées par le Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM), et l’un des endroits les plus courants de colonisation est le nez (les trous dans le nez). Pour les personnes gravement malades qui doivent être admises dans une unité de soins intensifs ou qui subissent une intervention chirurgicale, la colonisation par le SARM (ou même le S. aureus sensible à la méthicilline, MSSA) est un facteur de risque de développer par la suite une infection staphylococcique grave pouvant entraîner la mort. En fait, environ 20 000 personnes par an aux États-Unis seulement meurent d’infections graves au SARM., Donc, dans certaines circonstances, si vous avez le SARM (ou MSSA) dans le nez, nous pouvons vouloir le savoir et vous aider à vous en débarrasser.
Dans quelles circonstances nous devrions dépister les patients pour le SARM (ou MSSA) est activement débattu – et certains soutiennent que dans la plupart des cas, cela ne vaut pas les fonds importants nécessaires pour le mener à bien efficacement. Il a également été noté que les fonds ciblant un seul organisme (comme S. aureus) peuvent être mieux dépensés pour des interventions, telles qu’un gommage antiseptique préopératoire, qui aideraient à prévenir d’autres types d’infections., Une autre raison pour laquelle un microbiologiste clinique peut vouloir dépister le SARM dans certaines populations de patients est si elle est légalement requise des établissements de santé dans l’état où ils travaillent ou si le groupe de contrôle des infections de leur établissement a décidé de tester tous les patients dans certaines unités de l’hôpital. Une certaine question de la valeur des exigences légales est un moyen sain d’assurer des pratiques efficaces, mais à moins que la loi ne change, les microbiologistes cliniques devraient suivre ces exigences.
pour filtrer le nez des autres pour S., aureus, un travailleur de la santé doit d’abord écouviller les narines du patient-mais avec quel type d’écouvillon? Les écouvillons à pointe de rayonne ou les écouvillons floqués sont couramment utilisés. Il existe des preuves que les écouvillons floqués peuvent améliorer le rendement pour le dépistage du SARM par rapport à un système traditionnel de transport d’écouvillons/gel à la rayonne, mais dans une autre petite comparaison de laboratoire avec des échantillons dopés (et non des échantillons de patients), les résultats étaient essentiellement équivalents entre les écouvillons à pointe de rayonne et les écouvillons floqués (dans ce cas, , Bien que je pense que les eSwabs sont un bon système de collecte et présentent peut-être certains avantages par rapport aux écouvillons traditionnels dans cette application, mon laboratoire utilise des écouvillons à pointe de rayonne traditionnels; j’ai appris par expérience que je préfère bloquer quelque chose dans mon nez que de changer un dispositif de collecte dans un grand système de santé, à moins Il est à noter que même si je me suis concentré sur le portage nasal, l’écouvillonnage de plusieurs sites anatomiques améliore la sensibilité (et le coût).,
Un point de ramification majeur est la décision de la façon de tester les écouvillons: un test moléculaire ou une méthode de culture. Parmi les centaines de laboratoires qui utilisent le College of American Pathologists (CAP) pour les tests de compétence, les méthodes de culture prédominent par rapport aux méthodes moléculaires, en particulier les méthodes de culture utilisant des milieux sélectifs chromogènes. Des milieux de culture réguliers peuvent également être utilisés (gélose au sang de mouton du BST ou gélose à L’acide nalidixique de Columbia), en particulier si l’on recherche à la fois le MSSA et le SARM. Les résultats d’une méthode de culture sont généralement disponibles en 20-24 heures., Des études ont également montré que la sensibilité peut être améliorée en effectuant d’abord un enrichissement du bouillon: une culture courte dans un milieu de bouillon avant le placage à la gélose améliore les résultats, bien que cela ajoute des dépenses et du travail supplémentaire et augmente le temps de retournement (TAT). La plupart des méthodes basées sur la culture détecteront à la fois la résistance médiée par mecA et mecC (bien que l’utilisation de milieux non sélectifs pour les organismes résistants à la méthicilline et un test PBP2a ne le ferait pas).
avantages et inconvénients des tests moléculaires pour le SARM
les tests moléculaires (tests basés sur l’amplification des acides nucléiques, par exemple PCR) pour le SARM / MSSA peuvent offrir une sensibilité et une TAT améliorées par rapport aux tests basés sur la culture, mais à un coût nettement plus élevé par test., Les tests moléculaires dans de nombreuses études démontrent une sensibilité améliorée par rapport à la culture, mais la spécificité n’est pas aussi bonne par rapport à la culture.
Il existe deux approches de conception de test moléculaire SARM, chacune avec des avantages et des inconvénients. Le test à locus unique cible les séquences couvrant le chromosome cassette staphylococcique qui abrite généralement mecA (SCCmec) et orfX (adjacent au SCCmec chez S. aureus). La variabilité de la séquence SCCmec peut conduire à des faux négatifs lorsque les amorces de dosage ont une faible affinité de liaison à la séquence modifiée, malgré la présence de mecA fonctionnel., Les tests à locus unique conduisent également à des faux positifs lorsque les sites de liaison de L’amorce SCCmec sont intacts mais que le mecA est absent ou que la cassette est partiellement excisée. Les tests multi-locus évaluent séparément le S. aureus (en utilisant une nucléase thermostable (nuc) ou une autre séquence génétique conservée de S. aureus) et les gènes de résistance (mecA et, dans certains essais, également mecC). Cette approche a l’inconvénient que les spécimens qui comprennent à la fois MSSA et une autre espèce de staphylocoque qui est positif pour mecA (S., epidermidis, par exemple) signalera faussement positif pour le SARM – certains laboratoires suivent tous les résultats moléculaires positifs avec une culture pour confirmation.
peut-être le principal inconvénient des tests moléculaires est le coût. Les tests à accès aléatoire à échantillon unique offrent un excellent TAT, mais coûtent jusqu’à 45 per par test, alors que d’autres tests moléculaires plus adaptés aux tests par lots (généralement exécutés une ou deux fois par jour) sont moins chers à environ 20-30 per Par test., Quoi qu’il en soit, les tests moléculaires sont considérablement plus coûteux que les tests basés sur la culture (environ 1 à 3 per Par test, selon la méthode), et le volume de tests effectués peut être énorme en fonction des populations de patients ciblées.
ces nombreux facteurs contribuent au débat en cours sur les coûts et les avantages du dépistage de la MSSA/SARM. Si le dépistage est jugé utile, le coût supplémentaire des tests moléculaires vaut-il l’augmentation de la sensibilité? Comment interpréter les études plus anciennes compte tenu des diminutions significatives de la prévalence du SARM au cours des 10 à 15 dernières années?, Devrions-nous plutôt dépenser cet argent pour réduire les infections associées aux soins de santé, ce qui s’attaquerait à plusieurs organismes?