la flore bactérienne normale de l’homme (page 3)
(Ce chapitre comporte 5 pages)
© Kenneth Todar, PhD
La composition de la flore normale
la flore normale de l’homme est extrêmement complexe et comprend plus de 200 espèces de bactéries. La composition de la flore normale peut êtreinfluencé par divers facteurs, y compris la génétique, l’âge, le sexe, le stress,la nutrition et le régime alimentaire de l’individu.,
trois changements de développement chez l’homme, le sevrage,l’éruption des dents et l’apparition et la cessation des fonctions ovariennes, affectent invariablement la composition de la normaleflorain le tractus intestinal, la cavité buccale et le vagin, respectivement.Cependant, dans les limites de ces fluctuations, les floraofhumans bactériens est suffisamment constante pour donner une description générale de thesituation.
un humain est d’abord colonisé par une flore normale au moment de la naissance et du passage par le canal de naissance., In utero, le foetusest stérile, mais quand l’eau de la mère se brise et le processus de naissancecommence, la colonisation des surfaces du corps aussi. La manipulation etl’alimentation du nourrisson après la naissance conduit à l’établissement d’une flore normale stable sur la peau, la cavité buccale et le tractus intestinalenviron 48heures.
il a été calculé qu’un adulte humain abrite environ 1012bactéries sur la peau, 1010 dans la bouche et 1014dans le tractus gastro-intestinal. Ce dernier nombre est largement supérieur au nombre de cellules eucaryotes dans tous les tissus et organes qui comprennent l’homme.,Les bactéries prédominantes sur les surfaces dele corps humain sont énumérés dans le tableau 3. Les noms informels identifient la bactériedans ce tableau.Les noms taxonomiques formels des organismes sont donnés dans le tableau 1.
Tableau3.Bactéries prédominantes à divers endroits anatomiques chez les adultes.,ci, clostridia, methanogens
Normal Flora of the Skin Theadulthuman is covered with approximately 2 square meters of skin., Ledensitéet la composition de la flore normale de la peau varie avec anatomiqueallocale.La teneur élevée en humidité de l’aisselle, de l’aine et des zones entre les deux soutient l’activité et la croissance de densités relativement élevées de cellules bactériennes, mais la densité des populations bactériennes dans la plupart des autres sites est assez faible, généralement en 100s ou 1000s par cm carré. La plupart des bactéries surla peau est séquestrée dans les glandes sudoripares.,
Les microbes cutanés trouvés dans le plusles couches supérieures de l’épiderme et les parties supérieures des follicules pileux sont des cocci Gram-positifs (Staphylococcus epidermidis et Micrococcussp.) et les corynébactéries telles que les Propionibactériessp. Ceux-ci sont généralement non pathogènes et considérés comme commensaux, bien que des rôles mutualistes et parasitaires leur aient été attribués. Par exemple, les staphylocoques et les propionibactéries produisent des engraissesacides qui inhibent la croissance des champignons et des levures sur la peau., Mais, ifPropionibacterium acnes, anormal habitant de la peau, devenirappelé dans le follicule pileux, il peut se développer rapidement et provoquer une inflammationetacne.
parfois, Staphylococcus aureus potentiellement pathogène esttrouvé sur le visage et les mains chez les individus qui sont des porteurs nasaux. C’est parce que le visage et les mains sont susceptibles de devenireinoculé avec les bactéries sur les membranes nasales. Ces individus peuvent s’auto-identifier avec l’agent pathogène ou le propager à d’autresindividuels ou aliments.,
flore normale de leconjonctiveune variété de bactéries peut être cultivée à partir de la conjonctive normale,maisle nombre d’organismes est généralement faible. Staphylococcus epidermidiset certaines coryneformes (Propionibacteriumacnes) sont dominantes. Staphylococcus aureus, certains streptocoques, Haemophilus sp. et Neisseriasp. sont parfois trouvés. La conjonctive est maintenue humide et saineles sécrétions continues des glandes lacrymales. Clignote lingettes theconjonctiva toutes les quelques secondes lavant mécaniquement loin des objets étrangers, y compris les bactéries., Les sécrétions lacrymales (larmes) contiennent égalementbactériquesubstances y compris le lysozyme. Il y a peu ou pas d’opportunité pourles microorganismes colonisent la conjonctive sans mécanismes spéciaux pour s’attacher aux surfaces épithéliales et une certaine capacité à résister à l’attaque par le lysozyme.
On pense que les pathogènes qui infectent la conjonctive (p. ex. Neisseria gonorrhoeae et chlamydiatrachomatis) peuvent s’attacher spécifiquement au conjonctivalépithélium. Les nouveau-nés peuvent être particulièrement sujets aux bactériesattachement., Étant donné que la Chlamydiaet la Neisseria peuvent êtreprésent sur l’épithélium cervical et vaginal d’une mère infectée,du nitrate d’argent ou un antibiotique peuvent être mis dans les yeux du nouveau-né pour éviter l’infection après le passage par le canal génital.
Figure4. Coloniesof Propionibacteriumacnes, trouvé sur la peau et la conjonctive.
flore normale du Respiratoireun grand nombre d’espèces bactériennes colonisent le respiratorytract supérieur(nasopharynx)., Les narines (narines) sont toujours fortement colonisées,principalement avec des Staphylococcusepidermidis et des corynebactéries, et souvent (dans environ 20% de la population générale) avec Staphylococcus aureus, ce qui est le principalcarriersite de cet agent pathogène important. Les sinus sains, en revanche sontsterile. Le pharynx (gorge) est normalement colonisé par des streptocoques et divers cocci à Gram négatif. Parfois, des agents pathogènes tels que Streptococcuspneumoniae, Streptococcus pyogenes, Haemophilus influenzae et Neisseriameningitidis colonisent le pharynx.,
Les voies respiratoires inférieures(trachée,bronches et tissus pulmonaires) sont pratiquement exemptes de micro-organismes,principalement en raison de l’action nettoyante efficace de l’épithélium ciliéqui tapisse le tractus. Toute bactérie atteignant le respiratoiretractare inférieur balayé vers le haut par l’action de la couverture mucociliaire qui linesthebronchi, à enlever par la suite par la toux, les éternuements, la déglutition,etc. Si l’épithélium des voies respiratoires est endommagé, comme dansbronchitisou pneumonie virale, l’individu peut devenir sensible à l’infectionpar des agents pathogènes tels que H. influenzae orS.,pneumoniae descendant du nasopharynx.
la flore normale de L’Urogénitaltracturine est normalement stérile, et puisque les voies urinaires sont rincées avec de l’urine toutes les quelques heures, les microorganismes ont des problèmes d’accès et de retour établis. La flore de l’urètre antérieur, comme indiquéprincipalement par des cultures d’urine, suggère que la zone soit habitée par une flore normale arelativelyconsistent composée de Staphylococcus epidermidis,Enterococcusfaecalis et certains streptocoques alpha-hémolytiques. Leur nombre arenotplentiful, cependant. En outre, certaines bactéries entériques (par exemple E.,coli, Proteus) et les corynébactéries, qui sont probablement des contaminants de la peau, de la vulve ou du rectum, peuvent parfois être trouvés au niveau de l’urètre antérieur.
le vagin est colonisé peu de temps après la naissance par des corynébactéries,des staphylocoques, des streptocoques, E. coli et un acide lactiquebactériumhistoriquementnomé « bacille de Doderlein » (Lactobacillus acidophilus). Pendantla vie reproductive, de la puberté à la ménopause, l’épithélium vaginal contient du glycogène dû aux actions des œstrogènes circulants. Le bacille de doderleinprédomine, pouvant métaboliser le glycogène en acide lactique., L’acide lactique et d’autres produits du métabolisme inhibent la colonisation parallexcepte ce lactobacille et un certain nombre d’acidebactéries lactiques.Le pH bas résultant de l’épithélium vaginal empêche l’établissementla plupart des autres bactéries ainsi que la levure potentiellement pathogène, Candidaalbicans.Cetteest un exemple frappant de l’effet protecteur de la bactérie normaleflore pour leur hôte humain.
Figure5. Une espèce de lactobacille, possiblement le bacille de la doderléine, en association avec une cellule épithéliale vaginale.,
flore normale de la cavité oralela présence de nutriments, de débris épithéliaux et de sécrétions fait de la bouche un habitat favorable à une grande variété de bactéries. Oralbactérienclure les streptocoques, les lactobacilles,les staphylocoques et les corynébactéries, avec un grand nombre d’anaérobies, en particulier les bacteroides.
la bouche présente une succession de situations écologiques différentesl’âge, ce qui correspond à des changements dans la composition de la flore normale., À la naissance, la cavité buccale est composée uniquement des tissus mous des lèvres, des joues, de la langue et du palais, qui sont maintenus humides par ces sécrétions des glandes salivaires. À la naissance, la cavité buccale est stérile mais rapidement colonisée par l’environnement, en particulier par la mère lors de la première alimentation. Streptococcus salivarius est dominant etpeut représenter 98% de la flore buccale totale jusqu’à l’apparition des dents(6 – 9 mois chez l’homme). L’éruption des dents au cours de la première annéeconduit à la colonisation par S. mutans et S. sanguis.,Ces bactéries ont besoin d’une surface non épithéliale (Non épithéliale) pour coloniser. Ils persisteront aussi longtemps que les dents resteront. D’autres souches de streptococciadhérez fortement aux gencives et aux joues mais pas aux dents. La création de la crevasse gingivale (structures de support des dents)augmente l’habitat de la variété des espèces anaérobies trouvées. La complexité de la flore buccale continue d’augmenter avec le temps, et bacteroides etspirochetes colonisent autour de la puberté.
Figure6. Diversstreptocoques dans un biofilm dans la cavité buccale.,
la flore bactérienne normale de la cavité buccale bénéficie clairement deleur hôte qui fournit des nutriments et un habitat. Il peut y bebenefits, ainsi, à thehost. La flore normale occupe des sites de colonisation disponibles, ce qui rend plus difficile l’établissement d’autres microorganismes (espèces non indigènes). En outre, la flore buccale contribue à la nutrition de l’hôte par la synthèse de vitamines, et ils contribuent à l’immunité en induisant de faibles niveaux d’anticorps circulants et sécrétoires qui peuvent se croiser avec des agents pathogènes., Enfin, les bactéries buccales exercent un antagonisme microbien contre les espèces non indigènes par la production de substances inhibitrices telles que les acides gras,les peroxydes et les bactériocines.
D’autre part, la flore buccale est la cause habituelle de diversmaladies buccales chez l’homme, y compris les abcès, les caries dentaires, la gingivite et les maladies parodontales. Si les bactéries buccales peuvent entrer danstissus plus profonds, ils peuvent provoquer des abcès de l’os alvéolaire, du poumon,du cerveau ou des extrémités. Ces infections contiennent généralement des mélanges debactérieavec Bacteroides melaninogenicus jouant souvent un rôle dominant.,Si les streptocoques oraux sont introduits dans les plaies créées par dentalmanipulation ou traitement,ils peuvent adhérer aux valves cardiaques etinitiatesubaigu endocardite bactérienne.
Schéma 7. Coloniesof E. coli de plus en plus sur EMB agar.
NormalFlora du tractus gastro-intestinal la flore bactérienne du tractus gastro-intestinal (GI) des animauxa été étudiée de manière plus approfondie que celle de tout autre site. La composition diffère entrediverses espèces animales, et au sein d’une espèce animale., Chez l’homme, il existe des différences dans la composition de la flore qui sont influencées parl’âge, le régime alimentaire, les conditions culturelles et l’utilisation d’antibiotiques. Lela latte perturbe grandement la composition de la flore intestinale.
dans le tractus gastro-intestinal supérieur des humains adultes, l’œsophage ne contient quebactéries avalées avec de la salive et de la nourriture. En raison de la forte acidité du suc gastrique, très peu de bactéries (principalement des lactobacilles tolérants à l’acide)peuvent être cultivées à partir de l’estomac normal. Cependant,au moins la moitiéla population aux États-Unis est colonisée par une bactérie pathogène, Helicobacterpylori., Depuis les années 1980, cette bactérie est connue pour êtrela cause des ulcères gastriques, et c’est probablement aussi une cause de cancer gastrique et duodénal. Le microbiologiste australien Barry Marshall a reçu le prix Nobel de physiologie et de médecine en 2005, pourdémontrer la relation entre Helicobacter et gastriculcers.
Figure8. Helicobacterpylori. ASM
l’intestin grêle proximal a un Gram-positifflore relativement clairsemé,composé principalement de lactobacilles et Enterococcus faecalis. Cette région a environ 105-107 bactéries par mloffluid., La partie distale de l’intestin grêle contient un plus grand nombredes bactéries (108/ml) et des espèces supplémentaires, y compriscoliformes (E. coli etlatifs)et Bacteroides, en plus des lactobacilles et des entérocoques.
la flore du gros intestin (côlon) est qualitativement similaire à celle des fèces. Les Populations de bactéries dans le côlon atteignent des niveaux de 1011 / mlfec., Les coliformes deviennent plus importants, et les entérocoques, les clostridies etlactobacilles peuvent être régulièrement trouvés, mais les espèces prédominantes sontanaerobicbactérioideset bactéries lactiques anaérobies du genre Bifidobacterium(Bifidobacterium bifidum). Ces organismes peuvent être plus nombreux que E. coliby 1 000:1 à 10 000:1. Parfois, un nombre significatif d’anaérobicméthanogènes (jusqu’à 1010/gm) peut résider dans le Cholon des humains. Ceci est notre seule association directe avec archaea comme normalflora. La gamme d’incidence de certaines bactéries dans le grandintestindes humains est indiquée dans le tableau 4 ci-dessous.
le Tableau 4., Bactéries trouvées dans legrande intestinde l’homme.,etani
à la naissance, tout le tractus intestinal est stérile, mais les bactéries entrent avec le premier aliment. Les bactéries colonisatrices initiales varient avec la source alimentaire du nourrisson. Chez les nourrissons allaités, les bifidobactéries représentent plus de 90% du total des bactéries intestinales. Enterobacteriaceeet les entérocoques sont régulièrement présents, mais dans de faibles proportions,tandis quebacteroides, staphylocoques, lactobacilles et clostridia sont pratiquement absents. Dansles nourrissons nourris à la bouteille, les bifidobactéries ne sont pas prédominantes., Lorsque les nourrissons allaités sont passés à un régime de lait de vache ou d’aliments solides, les bifidobactéries sontprogressivementjoints par les entériques, les bacteroides, les entérocoques lactobacilles etclostridia. Apparemment, le lait humain contient un facteur de croissance qui enrichit pourla croissance des bifidobactéries, et ces bactéries jouent un rôle important dansprévenir la colonisation du tractus intestinal du nourrisson par des espèces non indigènes ou pathogéniques.
Figure9. Clostridiumdifficile. La coloration de Gram. La croissance de « C. diff » dans l’intestinle contrat est normalement tenu en échec par d’autres membres de la flore normale.,Lorsque les antibiotiques administrés pour d’autres infections causent des dommages collatéraux à la flore intestinale normale, le clostridium peut « se développer »et produire un syndrome diarrhéique grave appelé pseudomembranouscolite. Il s’agit d’un exemple de « maladie diarrhéique induite par les antibiotiques ».
la composition de la flore du tractus gastro-intestinal variele long du tractus (à des niveaux longitudinaux) et à travers le tractus (à des niveaux horizontaux) où certaines bactéries se fixent à l’intestinalépithéliumet d’autres se produisent dans la lumière., Il existe fréquemment une association très étroite entre des bactéries spécifiques de l’écosystème intestinal et des tissus ou cellules intestinaux spécifiques (preuve d’un tropisme tissulaire et d’une adhérence spécifique).Les bactéries Gram-positives, telles que les streptocoques et les lactobacilles, sont pensées pour adhérer à l’épithélium gastro-intestinal en utilisant des capsules polysaccharides ou des acides teichoïques de la paroi cellulaire pour se fixer à des récepteurs spécifiques sur les cellules épithéliales. Les bactéries Gram-négatives telles que lesentériques peuvent se fixer au moyen de fimbriae spécifiques qui se fixent aux glycoprotéines à la surface des cellules épithéliales.,
c’est dans le tractus intestinal que l’on voit le plus grand effet de la flore bactérienne sur leur hôte. Cela est dû à leur grande masse etnombre. Il a été démontré que les bactéries présentes dans le tractus gastro-intestinal humain produisent des vitamines et peuvent autrement contribuer à la nutrition et à la digestion. Mais leurs effets les plus importants sont leur capacité à protéger leur hôte de l’établissement et de l’infection par les microbes aliens et leur capacité à stimuler le développement et l’activité des tissus immunologiques.
d’autre part, certaines des bactéries dans le côlon (Par exemple, Bacteroides) ont été montrés pour produire des métabolites qui sont cancérigènes, et il peut y avoir une incidence accrue de cancer du côlon associé à ces bactéries.Les altérations de la flore gastro-intestinale provoquées par une mauvaise nutrition ou une perturbation avec des antibiotiques peuvent provoquer des changements dans les populations et la colonisation par les résidents, ce qui conduit à des maladies gastro-intestinales.
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