Andrés Ruzo, géothermiste, a étudié la source de la chaleur. Il l’a d’abord appris enfant de son grand-père. La rivière maintient sa température élevée bien qu’elle ne soit pas à proximité de volcans actifs connus ou d’évents géothermiques, qui fournissent normalement un chauffage géothermique pour les eaux souterraines. Malgré sa nature unique, National Geographic l’a décrit comme une caractéristique entièrement naturelle: une caractéristique géothermique non volcanique qui coule à des taux anormalement élevés. La théorie prédominante pour la source de cette chaleur provient du gradient géothermique de la Terre., Étant plus proche du manteau terrestre, l’eau souterraine a tendance à avoir une température plus élevée que l’eau de surface. La théorie est que l’eau de pluie tombe à la surface de la forêt amazonienne et trouve des failles profondément enracinées où elle descend dans la croûte. L’eau est ainsi chauffée en fonction du gradient géothermique. Il est alors probablement alimenté à la surface de la Terre par des sources chaudes alimentées par des failles qui agissent pour chauffer la rivière à travers son tronçon.