a CRISPR/Cas9 nukleázokat széles körben alkalmazták a genomszerkesztéshez különböző szervezetekben. A vezető RNS-el (Cas9-gRNA) összetett Cas9-nukleázok a grna-t kiegészítő szekvenciák genomikus DNS-ének beolvasásával és lekérdezésével találják meg célpontjukat., Felismerése a DNS cél szekvencia igényel egy rövid protospacer szomszédos motívum (PAM) kívül található ez a szekvencia. Tekintettel arra, hogy a cél helyének hatékonysága függhet a célfelismerést elősegítő kölcsönhatások erősségétől, itt arra törekedtünk, hogy összehasonlítsuk a különböző Cas9 nukleázok affinitásait rokon Pam-szekvenciáikhoz., Ebből a célból a Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus és Francisella novicida Cas9 nukleázainak affinitásait mértük a guide RNS-ekkel (gRNAs) (SpCas9-gRNA, SaCas9-gRNA, illetve FnCas9-gRNA), valamint három módosított SpCas9-gRNA variánssal, amelyek megváltoztatták a Pam-tartalmú rövid DNS-szondák PAM-specifikus tulajdonságait. Egy “beacon” vizsgálatot használtunk, amely a DNS-szondák relatív affinitását méri azáltal, hogy meghatározzák a Cas9-gRNA kötődésének sebességét a fluoreszcens címkével ellátott cél DNS-származékokhoz, az úgynevezett “Cas9 jelzőfények” – nek.,”A vizsgált Cas9 enzimek között jelentős különbségeket figyeltünk meg a rokon PAM szekvenciák affinitásában. Az SpCas9-gRNA relatív affinitása és a kanonikus és szuboptimális Pam-ekre tervezett változatai korreláltak a Pam-szekvenciák hatékonyságára vonatkozó korábbi megállapításokkal a genomszerkesztésben. Ezek az eredmények arra utalnak, hogy a Cas9 nukleáz nagy affinitása a rokon Pam számára elősegíti a nagyobb genomszerkesztési hatékonyságot.