I. Bevezetés
II. Monomer, illetve Dimer Szerkezet
III. Kölcsönhatások DNS
IV. Hivatkozások
Irányban
Kérem, hagyjon hozzászólások/javaslatok vagy jelentkezz használja ezt az oldalt ellátogat a visszajelzések oldal
Ez a kiállítás megjeleníti molekulák a bal oldali részén a képernyő, majd a szöveg, hogy a címek szerkezet-funkció összefüggések, hogy a molekulák a megfelelő rész (alább). A szöveg görgetéséhez használja a jobb oldali görgetősávot., Ha a Firefoxtól eltérő böngészőt használ (az oldal ajánlott böngészője), győződjön meg róla, hogy engedélyezi a felugró ablakokat. A Chrome-ban rákattinthat a felugró ablak blokkoló ikonjára a címsor jobb oldalán..
Az egyes pontokat illusztráló molekula megjelenítéséhez kattintson a rádió gombokra:
kérjük, kattintson a terhelés PDB gombokra, ha jelen van.
a molekula visszaállításához használja a reset gombokat:
ha átméretezi a böngészőablakot, egyszerűen frissítse az oldalt a megfelelő megtekintés visszaállításához.
I., Bevezetés
a figyelemre méltó, fánk alakú molekula balra az E. coli (pol III) DNS polimeráz III béta alegysége. Ez az alegység biztosítja a holoenzim figyelemre méltó processivitását a DNS-replikáció során. A processivitás a polimerázok azon képességére utal, hogy sok száz vagy több ezer nukleotidot adnak hozzá egy növekvő lánchoz anélkül, hogy a sablonból disszociálnának. A processivitás részben a DNS-polimerázok által végzett DNS-szintézis gyors ütemét jelenti. Például az E. coli a teljes genomot ~40 perc alatt (~80 000 bp/perc) replikálja., A pol III béta alegység egy gyűrű alakú bilincs, amely magában foglalja a DNS-t egy központi 35 angstrom lyukban, összekötve a Pol III fennmaradó részét a sablonnal.
visszatérés a kiállítás kezdetéhez
II. monomer és Dimer szerkezet
a béta alegység két 366 aminosav monomer homodimerje, mindegyik monomer a bilincs felét biztosítja.
a dimer interfész egy új folytatása, a monomer határán, egy béta lapszerkezet, amely megkülönböztethetetlen az intra-monomer béta lapoktól (az egyik felület itt látható).,ur erős hidrogén kötések, hogy a link, a béta-szál át a felület, számos más kapcsolatok segít stabilizálni a dimer, beleértve a következőket:
hidrofób kölcsönhatások aminosav sidechains – R-csoportok phe106, valamint ile108 egy monomer pack ellen ile272, valamint leu273, a másik pedig formában egy hidrofób mag;
ionos kötés (só hidak) között négy pár aminosav oldalon láncok kitéve oldószer (víz);
ionos bond pár (arg96-glu300, valamint arg103-glu304) számára megközelíthetetlen, oldószer, hogy valószínűleg formája különösen erős ionos kötés.,
a két karboxi termini projekt az arcból, amely megköti a Pol III holoenzim fennmaradó részét. Vegye figyelembe, hogy ez az arc olyan kiemelkedő hurkokat tartalmaz, amelyek alkalmasak más pol III alegységek kötésére.
minden monomer három, közel azonos szerkezetű, de nem azonos aminosav-szekvenciájú domént tartalmaz. Az amino, a központi és a karboxi domének mindegyike két béta-lap külső rétegét hordozza, amelyek 2 belső alfa-helikát támogatnak. Így a dimer bilincs magja 12 alfa-helixekkel van bélelve (2 helices/domain x 3 domains/monomer x 2 monomerek).,
visszatérés a kiállítás kezdetéhez
III. kölcsönhatás a DNS-vel
a béta-dimer 35 Angstrom lyuk elég nagy ahhoz, hogy befogadja a kettős spirális nukleinsavat, kevés szteringátlással, amint azt a B-DNS (~20 Angstrom átmérő) modellezi. A 12 központi alfa-hélix dőlése hasonló a hat tartomány szimmetrikus elrendezésének köszönhetően. Az egyes alfa-hélixek tengelye merőlegesnek tekinthető mind a nagyobb, mind a kisebb DNS-hornyok cukor-foszfát gerincére, amikor a DNS-t a béta-szorítógyűrű síkjára merőlegesen modellezik., Számos DNS-kötő fehérje tartalmaz alfa-hélixeket, amelyek párhuzamosak a nukleinsav gerincével. Ez az orientáció lehetővé teszi, hogy az alfa helices felismerje és beilleszkedjen a cél DNS fő horonyába. Ezzel szemben úgy tűnik, hogy a béta-szorító spirálok és a DNS-gerinc merőleges orientációja megakadályozza a fehérje hozzáférését mindkét DNS-horonyhoz, ezért megkönnyíti a bilincs gyors csúszását a DNS tengely mentén.,
ezek az elvek az a-formájú DNS-RNS duplexekkel (~25 Angstrom átmérő) való kölcsönhatásra vonatkoznak, amelyek a béta alegység kezdeti befogásának helyén találhatók az Okazaki fragmentum kezdetének RNS-alapozott sablonján.