Az a föld, amely ma Eton, egykor Edith királynő, a gyóntató Edward felesége birtokához tartozott. A Földet 1066 után a normannok kisajátították, 1086-ra pedig az Úr más fia volt. A Windsor és London közötti főútvonal áthaladt a területen, és a legelőkön egy falu állt, hogy az utat és a hidat fenntartsák.
1440-ben VI. Henrik Etont választotta új Kollégiumának, az Eton College-nak. Munkások költöztek Eton építeni a főiskola., Az egész földet közvetlenül a falu körül adták a főiskolának, ami megállította a további növekedést. Az új kollégium kápolnája zarándokhelygé tette a falut, a Fő utca mentén pedig fogadókat alakítottak ki. Henry VI adta a Főiskolának a jogot, hogy vásárokat tartson az alapon.
Az angol polgárháború alatt, miután a Windsori kastélyt a parlamenti erők elfoglalták, a királyi hadsereg Etonba költözött, és megpróbálta visszaszerezni a várost, elfoglalva a főiskolát. Windsor visszafoglalására tett erőfeszítések sikertelenek voltak, és a royalisták végül elmenekültek.,
1812-ben Porny jótékonysági iskoláját a néhai Antoine Pyron du Martré birtoka alapította, egyébként Mark Anthony Porny, az Eton college francia mestere. Később Eton Porny néven lett a helyi gyermekek iskolája az 29 High Street-en. 1863-ban költözött az iskola jelenlegi helyén a 14 High Street Eton.
1841-re lakossága 3526 fő volt.
a főiskola néha kis telkeket bérelt a falunak jótékonysági tevékenységként, ami házak építéséhez vezetett a híd közelében. A kollégium tudósai “sót” (pénzt) gyűjtöttek az Eton High Street fogadóiból., Ez a gyakorlat 1845-ig folytatódott, amikor egy tudós nem volt hajlandó társulni a fogadókhoz, mert “kísértés” voltak az Eton hallgatók számára. Eton volt kedvezően modernizált volt, és az első falu az Egyesült Királyságban, hogy saját postahivatal és modern vízelvezető rendszer.
1925-re a várost kereskedelmi, mint lakóépületnek írták le, a legtöbb épület (az iskola kivételével) az iskolásokat kiszolgáló vállalkozásokhoz tartozott.
1970 áprilisában az Etont Windsorral összekötő Windsor-hidat lezárták az összes motoros forgalom elől., Minden forgalomnak most a Royal Windsor Way (formálisan a Windsor and Eton relief road) útján kell utaznia, amely egy 1966-ban megnyitott bypass.