Peru első nemzeti zászlóját 1820-ban hozták létre, amikor José de San Martín Argentínából és Chiléből érkezett az Andok seregével., Az általa tervezett Perui zászló kombinálta a piros-fehér színeket, azt mondta, hogy azért választották, mert San Martín látta, hogy egy flamingók állománya szárnyal az érkezésekor. A zászló formája szokatlan volt—egy átlós Osztás, amely két fehér és két piros háromszöget képez, középen címerrel. Amikor a helyi függetlenségi partizánok letelepedtek, 1822.Március 15-én újabb zászlót fogadtak el., Ennek a zászlónak a hasonlósága (egyenlő piros-fehér-piros vízszintes csíkok piros nappal, az Inka Birodalom hagyományos emblémája, középen) zavart okozott Spanyolországéval, és hamarosan (május 31-én) függőleges csíkokkal ellátott zászlóra változtatták, de a nap emblémája középen maradt.
1825.február 25-én létrehozták a most használt tervet. Az előző zászló vörös-fehér-piros függőleges csíkjait megtartották, de a napot új címer váltotta fel. Pajzsát egy koszorú (pálma-és babérágak) keretezi, amelyet egy másik felülír., A pajzs három részre tagolódik, a nemzeti büszkeség és gazdagság jelképével. A vicuña, a Lámához és az alpakához szorosan kapcsolódó szabadon barangoló teve, az első kvarterben képviselteti magát; a perui fauna gazdagságának képviselete mellett a szabadságot, a nemzeti büszkeséget és a hősiességet is jelenti. A második negyednek van egy cinchona fája, amelynek kéregét kinin előállítására használják. Végül a pajzs alsó felén egy bőségszaru látható, amelyből arany-és Ezüstérmék szivárognak ki, jelképezve a nemzet ásványi gazdagságát., Ezenkívül a zászló fehér csíkja állítólag a tisztaságot képviseli, a piros pedig a hazafiak vérére emlékeztet. Mint számos más országban, a polgárok által repült polgári zászló csak a csíkokat jeleníti meg, a címert hivatalos (azaz kormányzati) célokat szolgáló zászlók számára tartják fenn.