Ein Missouria-Krieger auf der linken Seite, Gemälde von Karl Bodmer
Reste des alten Missouria-Forts im Van Meter State Park
Der Stamm die mündliche Geschichte erzählt, dass sie einst nördlich der Großen Seen lebten. Sie begannen im 16. Jahrhundert nach Süden zu wandern. Um 1600 lebten die Missouria in der Nähe des Zusammenflusses der Flüsse Grand und Missouri, wo sie sich im 18., Ihre Tradition besagt, dass sie sich aufgrund einer Liebesbeziehung zwischen den Kindern zweier Stammeshäuptlinge vom Stamm der Otoe, der zum selben Chiwere-Zweig der Siouan-Sprache gehört, trennten.
Das 17. Jahrhundert brachte die Missouria in Bedrängnis. Die Sauk und Fox griffen sie häufig an. Ihre Gesellschaft wurde noch mehr durch die hohen Todesfälle durch Pockenepidemien und andere eurasische Infektionskrankheiten gestört, die den Kontakt mit Europäern begleiteten. Der französische Entdecker Jacques Marquette kontaktierte den Stamm 1673 und ebnete den Weg für den Handel mit den Franzosen.,
Die Missouria wanderte westlich des Missouri River in das Osage Territory. Während dieser Zeit erwarben Sie Pferde und jagten Büffel. Der französische Entdecker Étienne de Veniard, Sieur de Bourgmont, besuchte die Menschen in den frühen 1720er Jahren. Er heiratete die Tochter eines Missouria-Häuptlings. Sie ließen sich in der Nähe nieder und Veniard schuf Allianzen mit den Menschen. Er baute Fort Orleans 1723 als Handelsposten in der Nähe des heutigen Brunswick, Missouri. Es war bis 1726 besetzt.
1730 zerstörte ein Angriff des Sauk/Fox-Stammes die Missouria fast und tötete Hunderte., Die meisten Überlebenden kamen wieder mit der Otoe zusammen, während einige sich der Osage und Kansa anschlossen. Nach einem Pockenausbruch im Jahr 1829 überlebten weniger als 100 Missouria und sie schlossen sich alle der Otoe an.
1830 und 1854 unterzeichneten sie Verträge mit der US-Regierung, um ihr Land in Missouri abzutreten. Sie zogen in das Otoe-Missouria Reservat, das am Big Blue River an der Grenze zwischen Kansas und Nebraska angelegt wurde. Die USA drängten die beiden Stämme 1876 und 1881 dazu, mehr Land abzugeben.
1880 teilten sich die Stämme in zwei Fraktionen auf, die Kojoten, die Traditionalisten waren, und die Quäker, die Assimilationisten waren., Der Kojote ließ sich im Iowa Reservat auf indischem Territorium nieder. Die Quäker verhandelten ein kleines separates Reservat auf indischem Territorium. Bis 1890 schlossen sich die meisten der Coyote Band den Quäkern in ihrem Reservat an. Nach dem Dawes Act wurden bis 1907 Mitglieder der Stämme registriert und einzelne Grundstücke pro Haushalt zugeteilt. Die USA erklärten überschüssiges kommunales Land des Stammes als „Überschuss“ und verkauften es an europäisch-amerikanische Siedler. Der Stamm verschmolz mit dem Otoe-Stamm.,
Der Curtis Act erforderte die Auflösung von Stammesgerichten und Regierungen, um die Menschen zu assimilieren und das Territorium auf die Staatlichkeit vorzubereiten, aber der Stamm schuf 1900 sein eigenes Gerichtssystem. Die Missouria waren hauptsächlich Bauern im frühen 20. Nachdem 1912 Öl auf ihrem Land entdeckt wurde, zwang die US-Regierung viele des Stammes von ihren Zuteilungen.