Liten kjernefysisk ribonucleoproteins (eller snRNPs) danner funksjonelle splicesome på pre‑mRNA og katalysere skjøting.
en. «U» RNAs og tilhørende proteiner. Liten kjernefysisk RNAs (snRNAs) er ca 100 til 300 nts lenge, og kan være så rikt som 105 til 106 molekyler per celle. De er oppkalt U etterfulgt av et heltall. De store involvert i skjøting er U1, U2, U4/U6, og U5 snRNAs. De er bevart fra gjær til menneske., Den snRNAs er assosiert med proteiner dannes små kjernefysiske ribonucleoprotein partikler, eller snRNPs. Den snRNPs er oppkalt etter snRNAs de inneholder, derav den store involvert i skjøting er U1, U2, U4/U6, U5 snRNPs.
En klasse av proteiner felles for mange snRNPs er Sm proteiner. Det er 7 Sm proteiner, kalt B/B’, D1, D2, D3, E, F, G. Hver Sm protein har lignende 3-D-struktur, som består av en alfa helix etterfulgt av 5 beta-tråder. Sm proteiner samhandle via beta-tråder, og kan danne ring rundt RNA.,
En bestemt rekkefølge felles for mange snRNAs er anerkjent av Sm proteiner, og er kalt «Sm-RNA-motiv».
b. Bruk av antistoffer fra pasienter med SLE., Flere av de vanligste snRNPs er anerkjent av den autoimmune serum som kalles anti‑Sm, som i utgangspunktet er generert av pasienter med autoimmune sykdommen Systemisk Lupus Erythematosis. En av de kritiske tidlige eksperimenter som viser viktigheten av snRNPs i skjøting var det demonstrasjon av at anti-Sm antisera er en potent hemmer av i vitrosplicing reaksjoner. Dermed mål av antisera, dvs. Sm proteiner i snRNPs, er det behov for skjøting.
c. Den snRNPs montere på pre-mRNA for å gjøre et stort protein-RNA-kompleks kalt en spliceosome (Figur 3.3.17)., Katalyse av skjøting skjer innenfor spliceosome. Nyere studier støtter hypotesen om at snRNA komponenter av spliceosome faktisk katalysere skjøting, som gir et annet eksempel på ribozymes.
d. U1 snRNP: Binder seg til 5′ skjøte nettstedet, og U1 RNA danner en base‑paret struktur med 5′ skjøte nettstedet.
e. U2 snRNP: Binder seg til gren punkt og former en kort RNA-RNA-dupleks., Dette trinnet krever en ekstra faktor (U2AF) og ATP hydrolyse, og forplikter pre-mRNA til skjøting av veien.
– f. U5 snRNP pluss U4, U6 snRNP nå binde seg til å sette sammen funksjonelle spliceosome. Tegn tyder på at U4 snRNP dissosierer fra U6 snRNP i spliceosome. Dette muliggjør U6 RNA å danne nye base-koblede konstruksjoner med U2-RNA og pre-mRNA som katalysere den transesterification reaksjon (phosphoester overføringer)., En modell er at U6 RNA par med 5′ skjøte nettsted og med U2-RNA (som i seg selv er knyttet til den grenen punkt), og dermed bringe grenen punkt En nær 5′ skjøte nettstedet. U5 RNA kan tjene til å holde tett sammen endene av exons for å være medlem.