Innledning
II. Monomer og Dimer Struktur
III. Interaksjoner med DNA
IV. Referanser
Veibeskrivelse
Vennligst legg igjen kommentarer/forslag eller godta bruk av dette nettstedet ved å besøke våre tilbakemeldinger side
Denne utstillingen viser molekyler i venstre del av skjermen, og tekst som tar for seg struktur-funksjon relasjoner av molekyler i høyre del (nedenfor). Bruk rullefeltet til høyre for å bla gjennom teksten., Hvis du bruker nettleseren andre enn Firefox (anbefalt nettleser for dette området), sørg for å tillate popup-vinduer. I Chrome, kan du klikke på popup-blokkering-ikonet i høyre del av adresselinjen..
for Å fremkalle gjengivelser av molekylet som illustrerer bestemte punkter, klikker du på radio knapper:
Vennligst klikk på legg PDB-knappene, , når de er til stede.
for Å tilbakestille molekyl, kan du bruke reset-knapper:
Hvis du vil endre størrelsen din nettleser vinduet, rett og slett oppdatere siden for å gjenopprette riktig visning.
I., Innledning
bemerkelsesverdig, smultring-formet molekyl til venstre er beta subunit av DNA-polymerase III av E. coli (pol III). Dette subunit gir for den bemerkelsesverdige processivity av holoenzyme under DNA replikasjon. Processivity refererer til evnen til polymerases å legge til mange hundre-eller tusenvis av nukleotider til en voksende kjede uten dissociating fra malen. Processivity delvis står for den raske utbredelsen av DNA-syntese av DNA polymerases. For eksempel E. coli replikater hele sitt genom i ~40 minutter (~80,000 bp/min)., Pol III beta subunit er en ringformet klemme som omfatter DNA i en sentral 35 angstrom hull, tethering resten av pol III til mal.
gå tilbake til begynnelsen av utstillingen
II. Monomer og Dimer Struktur
beta subunit er en homodimer av to, 366 aminosyre monomere, fører hver monomer som gir halvparten av klemmen.
dimer grensesnitt er en roman videreføring, på tvers av monomer grensen, i en beta-ark struktur, umulig å skille fra intra-monomer beta-ark (ett grensesnitt er vist her).,ur sterk hydrogen obligasjoner som kobler beta-tråder på tvers av grensesnittet, er det flere andre sammenhengene bidra til å stabilisere dimer, blant annet:
hydrofobe interaksjoner av aminosyren sidechains – R-grupper av phe106 og ile108 av en monomer pack mot ile272 og leu273 av de andre og danner en hydrofobe kjerne;
ioniske bindinger (salt broer) mellom fire par aminosyre sidekjeder eksponert for løsemidler (vann);
ioniske bond par (arg96-glu300 og arg103-glu304) som er utilgjengelige for løsemiddel og som sannsynligvis form spesielt sterkt ionisk obligasjoner.,
De to carboxy termini prosjektet fra ansiktet som binder resten av Pol III holoenzyme. Merk at dette ansiktet inneholder fremtredende looper som er godt egnet til å binde andre pol III underenhetene.
Hver monomer består av tre domener med nesten identisk struktur, men er ikke identiske aminosyresekvens. Den amino, sentral -, og carboxy-domener hver harbor et ytre lag av to beta-ark som støtter 2 indre alpha helices. Dermed kjernen i dimeric klemmen er foret med 12 alpha helices (2 helices/domene x 3 domener/monomer x 2 monomers).,
gå tilbake til begynnelsen av utstillingen
III. Interaksjon med DNA
35 Angstrom hull av beta-dimer er store nok til å romme dobbeltrom helical-nukleinsyre med lite steriske hindring som modellert her for B-DNA (~20 Angstrom diameter). Vippe av de 12 sentrale alpha helices ligner på grunn av den symmetriske plasseringen av de seks domener. Aksen av hver alfa-helix kan sees å være vinkelrett på sukker-fosfat ryggraden i både store og små DNA-spor når DNA er modellert vinkelrett på planet av beta klemme ringen., Mange DNA-bindende proteiner inneholder alpha helices som er orientert parallelt med nukleinsyre ryggraden. Denne orienteringen gjør alpha helices å gjenkjenne og passer inn i de store sporet av mål-DNA. I kontrast, den vinkelrett retning av beta-klemme helices og DNA-ryggraden synes designet for å forhindre tilgang av protein til enten DNA-sporet, og derfor å legge til rette for rask toveis av klemmen langs DNA-aksen.,
Disse prinsippene inne i samspill med A-form DNA-RNA-duplex (~25 Angstrom diameter), finnes på nettstedet til første fastspenning av Beta subunit på RNA-primet mal for starten av en Okazaki-fragment.