Den første nasjonale flagg i Peru ble opprettet i 1820, da José de San Martín kom med sin Hær av Andesfjellene fra Argentina og Chile., Den Peruanske flagget han designet kombinert fargene rødt og hvitt, som sies å ha blitt valgt fordi San Martín så en flokk av flamingoer ta wing ved hans ankomst. Form av flagget var uvanlig—en diagonal divisjon danner to hvite og to røde trekanter med et våpenskjold i sentrum. Når lokale uavhengighet partisanene etablert seg, en annen flagget ble vedtatt 15. Mars 1822., Likheten med dette flagget (lik rød-hvit-røde horisontale striper med en rød sol, den tradisjonelle emblem av Inka-imperiet, i sentrum) til det som i Spania forårsaket forvirring, og det ble snart endret (31. Mai) til et flagg med vertikale striper, men solen emblem forble i sentrum.
På februar 25, 1825, design nå i bruk ble etablert. Den rød-hvit-røde vertikale striper fra tidligere flagget ble beholdt, men solen ble erstattet av en ny våpenskjold. Dens skjoldet er omgitt av en krans (palm og laurel grener) og overvinnes av en annen., Skjoldet er delt inn i tre deler med tall symbol på nasjonal stolthet og rikdom. Den vicuña, en gratis-roaming camelid nært knyttet til lama og alpakka, er representert i den første partere, i tillegg til å representere den rikdom av Peruanske fauna, det står for frihet, nasjonal stolthet, og heltemot. Den andre partere har en cinchona tre, bark som brukes til å lage quinine. Til slutt, den nederste halvdelen av skjoldet viser et overflødighetshorn fra utslipp som gull og sølv mynter, symbolsk av landets mineral rikdom., I tillegg, de hvite stripene i flagget sies å representere renhet, og den røde minnes blodet til patrioter. Som i en rekke andre land, det sivile flagg fløyet av private borgere viser bare striper, våpenskjold være reservert for flagg som serverer offisielle (dvs., regjeringen) formål.