CRISPR/Cas9 nucleases har vært mye brukt for genome redigering i ulike organismer. Cas9 nucleases complexed med en guide-RNA (Cas9-gRNA) finne sine mål ved å skanne og avhør av genomisk DNA sekvenser for komplementær til gRNA., Anerkjennelse av DNA-mål sekvens krever en kort protospacer tilstøtende motiv (PAM) ligger utenfor denne sekvensen. Gitt at effektiviteten av mål plasseringen avhenge av styrken av interaksjoner som fremmer målet anerkjennelse, her har vi søkt å sammenligne forbindelser av ulike Cas9 nucleases for sine cognate PAM-sekvenser., For dette formål, vi målte slektskap av Cas9 nucleases fra Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, og Francisella novicida complexed med guide RNAs (gRNAs) (SpCas9-gRNA, SaCas9-gRNA, og FnCas9-gRNA, henholdsvis) og tre konstruert SpCas9-gRNA varianter med endret PAM spesifisiteten for kort, PAM-som inneholder DNA-prober. Vi har brukt en «beacon» – analysen som måler den relative preferanser av DNA-prober ved å bestemme deres evne til å konkurransedyktig påvirke frekvensen av Cas9-gRNA binding til fluoriserende fargestoff mål-DNA derivater som kalles «Cas9 beacons.,»Vi observert signifikante forskjeller i preferanser for cognate PAM sekvenser blant de studerte Cas9 enzymer. Den relative preferanser av SpCas9-gRNA og dens konstruert varianter for kanonisk og suboptimal PAMs korrelert med tidligere funn på effektiviteten av disse PAM sekvenser i genom-redigering. Disse funnene tyder på at høy affinitet av en Cas9 nuclease for sin cognate PAM fremmer høyere genom-redigering effektivitet.