En Missouria kriger på venstre, maleri av Karl Bodmer
Restene av Missouria Gamle Fortet på Van Meter State Park (nasjonalpark)
stammen er muntlig historie, og forteller at de en gang levde nord for de Store Sjøene. De begynte å trekke sørover i det 16. århundre. Ved 1600, Missouria bodde i nærheten av samløpet av Grand og Missouri elver, der de slo seg gjennom det 18. århundre., Deres tradisjon sier at de splittet fra Otoe stamme, som tilhører samme Chiwere gren av Siouan språk, på grunn av et kjærlighetsforhold mellom barn av to stammenes høvdinger.
Det 17. århundre brakte vanskeligheter til Missouria. Den Sauk og Fox ofte angrepet dem. Samfunnet deres var enda mer forstyrret av høy omkomne fra en epidemi av kopper og andre Eurasiske smittsomme sykdommer som ledsaget kontakt med Europeere. Den franske oppdagelsesreisende Jacques Marquette kontaktet stammen i 1673, og banet vei for handel med fransk.,
Missouria overført vest for Elven Missouri i Osage territorium. I løpet av denne tiden, de kjøpte hester og jaktet på bøfler. Den franske oppdagelsesreisende Étienne de Veniard, Sieur de Bourgmont besøkte folk i begynnelsen av 1720-årene. Han giftet seg med datter av en Missouria sjef. De slo seg ned i nærheten, og Veniard skapt allianser med folk. Han bygde Fort Orleans i 1723 som et handelssted, i nærheten dagens Brunswick, Missouri. Det var bebodd frem til 1726.
I 1730 et angrep av den Sauk/Fox stamme ødela nesten Missouria, drepe hundrevis., De fleste overlevende gjenforent med Otoe, mens noen ble med i Osage og Kansa. Etter en kopper utbrudd i 1829, færre enn 100 Missouria overlevde, og de har alle sluttet seg til Otoe.
De signerte avtaler med den AMERIKANSKE regjeringen i 1830 og 1854 til å avstå sine landområder i Missouri. De flyttet til Otoe-Missouria reservasjon, opprettet på Big Blue River i Kansas-Nebraska grensen. USA presset de to stammene i de gir fra seg mer lander i 1876, og 1881.
I 1880 stammer delt i to fraksjoner, den Coyote, som var tradisjonalister, og Kvekerne, som var assimilationists., Den Coyote avgjort på Iowa Reservasjoner i Indisk Territorium. Kvekerne forhandlet frem en liten separat reservasjon på Indisk Territorium. Av 1890 mest av Coyote bandet sluttet Kvekerne på sine reservasjoner. Under Dawes Handle, ved 1907 medlemmer av stammene ble registrert og tildelt individuelle tomter per husholdning. USA erklærte overflødig felles land av ild som «overskudd» og solgte den til Europeisk-Amerikanske nybyggere. Stammen sammen med Otoe stamme.,
The Curtis Handle kreves oppløst av tribal domstoler og myndigheter for å assimilere folk og forberede territorium for statsdannelse, men stammen laget sitt eget rettssystem i 1900. Den Missouria var først og fremst bønder i begynnelsen av det 20. århundre. Etter at det ble funnet olje på sine eiendommer i 1912, den AMERIKANSKE regjeringen tvunget mange av stammen av sine parseller.