Bonaparte var kjent for å forberede meg til fornyet krigen, og, to dager før den brøt ut, Nelson, i Mai 1803, ble gitt kommandoen i Middelhavet, løfting sitt flagg på Seier. Nok en gang han var til blokade Toulon, nå med det formål å hindre et stevnemøte mellom den franske skip er det med de i Brest i Atlanterhavet og, etter Spania erklærte krig mot Storbritannia, med spansk skip fra Cartagena og Cádiz., En kombinert styrke av at størrelse kan godt aktivere Bonaparte til å invadere England, og tidlig i 1805, Napoleon, som året før hadde kronet seg selv til keiser, beordret flåter til å møtes for dette formålet. Fransk og spansk skvadroner var å sprenge gjennom den Britiske blokaden; run for the West Indies, og etter å ha herjet der Britiske eiendeler og handel, tilbake over Atlanterhavet i en enkelt uovervinnelig flåte for å ødelegge den Britiske nærheten av Ushant, en øy utenfor Bretagne, og ta kontroll over den engelske Kanal mens det ble krysset av en invaderende hær av 350,000.,
I Mars, Admiral Pierre Villeneuve, som skulle være overordnet kommando, brøt ut av Toulon under dekke av dårlig vær, og forsvant. Nelson satt av i jakten. Villeneuve klippe kort hans onde, men hans flåte ble fanget opp og skadet av en Britisk skvadron. Å unnlate å vinne kontroll over den engelske Kanal, han kjørte sørover til Cádiz.
Nelson satt i Gibraltar, som er gjort disposisjoner for blokaden av Cádiz, og returnerte til England., I løpet av sine 25 dager hjemme, han planlagt strategi for konfrontasjon med den Fransk-spanske flåten som virket uunngåelig; 34 fiendtlige skip var blokkerte i Cádiz av mindre tall under Admiral Cuthbert Collingwood. Selv om Napoleon, forlot den plan av en cross-Kanal invasjon, begynte på ny implementering Grand Army, i Storbritannia fare for invasjon virket som å trykke på som noen gang, og Nelson dukket opp landets håp.
Når hans ordrer kom, Nelson på September 15 seilte i Seier. Han var nå på høyden av sin profesjonelle krefter., Tilbedt av hans offiserer og sjøfolk like, han var overbevist om at hans kapteiner forstått hans taktisk tenkning så vel som den minste av konsultasjon ville være nødvendig. På hans 47th bursdag han spiste 15 kapteiner i sitt flaggskip og er skissert hans planer om å ta på en «pell-mell kamp», der Britiske gunnery og støtende ånd ville være avgjørende. Han planla å avansere på den Fransk-spanske flåten i to divisjoner for å bryte sin linje og ødelegge dem stykkevis. Dette var den siste oppgivelse av tradisjonelt stive taktikk for å bekjempe i linjen av kampen.,
Etter at du har mottatt Napoleons ordre om at han må bryte blokaden, Villeneuve, oktober 20, seilte ut av Cádiz. Ved daggry neste dag, den Fransk-spanske flåten var silhuett mot soloppgangen av Kapp Trafalgar, og Britene begynte å danne to avdelinger der de var til å kjempe, ett ledet av Nelson, den andre av Collingwood. Som den motsatte flåter lukket, Nelson gjorde sin berømte signal, «England forventer at hver mann vil gjøre sin plikt.,»Slaget ved Trafalgar raste på sitt sterkeste rundt Seier, og en fransk snikskytter skyte fra masten av Redoutable, skutt Nelson gjennom skulderen og brystet. Han ble båret under for å kirurgen, og det ble snart klart at han var døende. Da fortalte at 15 fiendtlige skip hadde blitt tatt, svarte han, «Det er godt, men jeg hadde håpet på 20.»Thomas Hardy, hans flagg kaptein, kysset pannen i farvel og Nelson talte hans siste ord, «Nå er jeg fornøyd. Takk Gud, jeg har gjort min plikt.,»
Selv om seieren til Trafalgar endelig laget Storbritannia trygg fra invasjonen, det var på den tiden, overskygget av nyheten om Nelson ‘ s død. Et land som er plaget med sorg ga ham en majestetisk begravelse i St. Paul ‘ s Cathedral, og hans popularitet ble spilt i utallige monumenter, gater, og vertshus som er oppkalt etter ham, og, til slutt, i bevaring i Portsmouth av Seieren. Emma Hamilton og hans datter, men ble ignorert. Emma døde, nesten tomt, i Calais ni år senere., Horatia, som viser far sin elastisitet, giftet seg med en prest i Norfolk, og ble mor til et stort og solid familie.