-
Zrecenzowany przez dr Tomislav Meštrović, MD, Ph. d.
microarray jest niedawno opracowaną technologią stosowaną w badaniach nad rakiem i w leczeniu farmakologicznym innych chorób, takich jak zmiany w jamie ustnej. W tej technologii stosuje się szkiełko mikroskopowe (Zwykle matrycę 2D wykonaną ze szkła, chipów silikonowych lub membrany nylonowej) nadrukowane tysiącami minut w określonych pozycjach.
©DAndre Nante/.,com
DNA microarray (gene chip, DNA chip, lub biochip) jest jedną z takich technologii, które albo mierzy DNA lub wykorzystuje DNA jako część swojego systemu wykrywania. W każdym z miejsc w tej tablicy, znana sekwencja DNA lub gen jest uporządkowany ułożone.
Komputerowa baza danych jest następnie używana do rejestrowania lokalizacji i sekwencji każdego miejsca. Te sekwencje DNA są porównywane ze sobą, aby uzyskać potrzebne informacje., Technika ta pozwala badaczom badać i analizować ekspresję tysięcy genów w jednej reakcji i rozwiązywać problemy, które uważa się za niemożliwe do wyśledzenia.
zasada i Technika
podstawowa zasada za DNA microarray jest „nucleic acid hybridization”. W tym procesie dwie komplementarne nici DNA są połączone ze sobą wiązaniami wodorowymi, tworząc dwuniciową cząsteczkę. Pomaga to naukowcom porównywać i analizować DNA lub cząsteczki RNA identycznych sekwencji.,
technika składa się z trzech głównych sekcji:
- przygotowanie Chipa DNA
- eksperyment
- zbieranie i analiza wyników
- przygotowanie Chipa DNA i eksperyment
do przygotowania tablicy spotted stosuje się kilka metod. W niektórych przypadkach już zaprojektowane sondy, które są przymocowane do drobnych igieł, są drukowane na powierzchni matrycy chemicznej za pomocą robota (Inżynieria powierzchni). Do produkcji sond stosuje się również chemię fotoaktywną i maskowanie, które można również kupić w sklepach.,
procedura reakcji mikromacierzy DNA odbywa się w kilku krokach:
- pobieranie próbek – próbka może w tym przypadku być zdefiniowana jako komórka / tkanka organizmu, na którym chcemy przeprowadzić badanie. Pobierane są dwa rodzaje próbek: zdrowe komórki i zakażone komórki, w celu porównania i uzyskania wyników.
- Izolacja mRNA-RNA jest ekstrahowana z próbki za pomocą kolumny lub rozpuszczalnika, takiego jak fenol-chloroform. Z wyekstrahowanego RNA, mRNA jest oddzielany pozostawiając rRNA i tRNA., Ponieważ mRNA ma ogon Poli-A, koraliki kolumnowe z poli-t-ogonami są używane do wiązania mRNA. Po ekstrakcji kolumna jest płukana buforem w celu wyizolowania mRNA z kulek. Bufor zakłóca wiązania hybrydowe między mRNA i paciorkami zakłócając pH.
- Tworzenie oznaczonego cDNA – aby utworzyć cDNA (komplementarną nić DNA), wykonuje się odwrotną transkrypcję mRNA. Obie próbki są następnie włączone z różnych barwników fluorescencyjnych do wytwarzania fluorescencyjnych pasm cDNA. Pomaga to w rozróżnieniu kategorii próbki cDNA.,
- hybrydyzacja-etykietowane cDNA z obu próbek umieszczają w DNA microarray tak, że każdy cDNA dostaje hybrydyzed do jego komplementarnej nici; oni także dokładnie myć usuwać unbounded sekwencje.
- zbieranie i analiza
zbieranie danych odbywa się za pomocą skanera microarray. Ten skaner składa się z lasera, komputera i Kamery. Laser pobudza fluorescencję cDNA, generując sygnały.
gdy laser skanuje tablicę, kamera rejestruje wytworzone obrazy., Następnie komputer przechowuje Dane i natychmiast dostarcza wyniki. Uzyskane w ten sposób dane są następnie analizowane. Różnica w intensywności kolorów dla każdego miejsca decyduje o charakterze genu w danym miejscu.,drogie
- tablice zapewniają pośrednią miarę względnego stężenia
- szczególnie w przypadku złożonych genomów ssaków, często trudno jest zaprojektować tablice, w których wiele powiązanych sekwencji DNA/RNA nie wiąże się z tą samą sondą na tablicy
- tablica DNA może wykrywać tylko sekwencje, które tablica została zaprojektowana do wykrywania
Czytaj dalej
- Cała zawartość sekwencjonowania DNA
- sekwencjonowanie DNA
- zespół sekwencji DNA
- techniki sekwencjonowania DNA o wysokiej przepustowości
- sekwencjonowanie Shotgun