the CRISPR/Cas9 nucleases have been szeroko applied for genome editing in various organizms. Cas9 nucleases compleksed with a guide RNA (Cas9-gRNA) znajdować swój cel skanować i przesłuchiwać genomic DNA dla sekwencje komplementarne do gRNA., Rozpoznanie docelowej sekwencji DNA wymaga krótkiego protospacera (Pam) znajdującego się poza tą sekwencją. Biorąc pod uwagę, że skuteczność lokalizacji celu może zależeć od siły oddziaływań, które promują rozpoznawanie celu, tutaj staraliśmy się porównać powinowactwa różnych nukleaz Cas9 dla ich poznanych sekwencji PAM., W tym celu zmierzyliśmy powinowactwa nukleaz Cas9 z paciorkowców Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus i Francisella novicida skompleksowanych z przewodnikami RNAs (gRNAs) (odpowiednio SpCas9-gRNA, SaCas9-gRNA i Fncas9-gRNA) oraz trzech zmodyfikowanych wariantów SpCas9-gRNA ze zmienioną specyficznością Pam dla krótkich sond DNA zawierających PAM. Użyliśmy testu „beacon”, który mierzy względne powinowactwa sond DNA, określając ich zdolność do konkurencyjnego wpływu na szybkość wiązania Cas9-gRNA z fluorescencyjnie znakowanymi docelowymi pochodnymi DNA zwanymi ” Beaconami Cas9.,”Zaobserwowaliśmy znaczące różnice w powinowactwach sekwencji poznawczych Pam wśród badanych enzymów Cas9. Względne powinowactwa SpCas9-gRNA i jego zmodyfikowanych wariantów dla kanonicznych i nieoptymalnych Pam korelowały z wcześniejszymi ustaleniami dotyczącymi skuteczności tych sekwencji PAM w edycji genomu. Wyniki te sugerują, że wysokie powinowactwo nukleazy Cas9 do jej cognate PAM sprzyja wyższej wydajności edycji genomu.