w 1987 roku Manfred rozpoczął współpracę z Major League Baseball (MLB) podczas negocjacji zbiorowych. W latach 1994-1995 pełnił funkcję zewnętrznego doradcy właścicieli. Do MLB dołączył w pełnym wymiarze czasu w 1998 roku, pełniąc funkcję wiceprezesa wykonawczego ds. Ekonomii i Ligi. W 2002 roku Manfred wynegocjował pierwszą umowę MLB dotyczącą testowania narkotyków z Major League Baseball Players Association (MLBPA) i reprezentował MLB w negocjacjach z MLBPA przy tworzeniu nowych układów zbiorowych w latach 2002, 2006 i 2011., W 2013 roku Manfred poprowadził śledztwo MLB w sprawie afery biogenezy.
Manfred podczas Meczu Gwiazd Major League Baseball All-Star Game w 2015 roku
pod koniec sezonu 2013 Komisarz Bud Selig awansował Manfreda na dyrektora operacyjnego MLB. Stanowisko to zostało zwolnione od dymisji Boba Dupuya w 2010 roku. Po ogłoszeniu odejścia Seliga, które nastąpiło po sezonie 2014, Manfred został finalistą, który zastąpił go na stanowisku komisarza.,
14 sierpnia 2014 roku właściciele MLB wybrali Manfreda na następcę Seliga, pokonując Toma Wernera, Prezesa Boston Red Sox i Tima Brosnana, wiceprezesa biznesowego MLB. Manfred objął urząd 25 stycznia 2015. Stwierdził, że jego głównymi celami jako komisarza były dotarcie do młodzieży, wykorzystanie technologii, przyspieszenie tempa gry, wzmocnienie relacji z graczami i stworzenie bardziej ujednoliconej operacji biznesowej.,
jako komisarz Manfred przed rozpoczęciem sezonu 2015 wprowadził zasady dotyczące tempa gry, w tym pozostawania pałkarzy w polu pałkarza i instalacji zegarów czasowych, aby ograniczyć czas spędzany wokół przerw handlowych. Przed sezonem 2018 Manfred wprowadził kolejne zmiany zasad mające wpłynąć na tempo gry, w tym skrócenie czasu przerw w reklamach i ograniczenie wizyt zawodników na boisku. Opowiadał się również za ekspansją franchisingu, wymieniając Portland, Las Vegas, Charlotte, Nashville, Montreal i Vancouver jako możliwe lokalizacje dla nowych zespołów.,
15 listopada 2018 roku właściciele przedłużyli kontrakt Manfreda do sezonu 2024.