I. Introdução
II. Monômero e Dímero Estrutura
III. Interações com DNA
IV. Referências
Instruções
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Esta exposição apresenta moléculas na parte esquerda da tela e o texto, que aborda relações estrutura-função das moléculas no lado direito (abaixo). Use a barra de posicionamento à direita para percorrer o texto., Se você estiver usando navegador que não o Firefox (o navegador recomendado para este site), certifique-se de permitir popups. No Chrome, você pode clicar no ícone do bloqueador popup na parte direita da barra de endereços..para evocar renderizações da molécula que ilustram pontos particulares, clique nos botões de rádio:
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I., Introdução a notável molécula em forma de donut à esquerda é a subunidade beta da DNA polimerase III de E. coli (pol III). Esta subunidade proporciona a notável processividade da holoenzima durante a replicação do ADN. A processividade refere-se à capacidade das polimerases de adicionar muitas centenas ou milhares de nucleótidos a uma cadeia em crescimento sem dissociar-se do modelo. A processividade explica parcialmente as rápidas taxas de síntese de ADN pelas polimerases do ADN. Por exemplo, a E. coli reproduz todo o seu genoma em ~40 minutos (~80.000 bp/min)., A subunidade beta pol III é um grampo em forma de anel que abraça o DNA em um buraco central de 35 angstrom, amarrando o restante de pol III para o modelo. a subunidade beta é um homodímero de dois, 366 monómeros de aminoácidos, cada monómero fornecendo metade da pinça.
a interface dímero é uma nova continuação, através do limite do monómero, de uma estrutura da folha beta, indistinguível das folhas beta intra monómeras (uma interface é ilustrada aqui).,ur fortes pontes de hidrogênio que ligam o beta fios em toda a interface, existem várias ligações de outros, ajudando a estabilizar o dímero, incluindo:
hidrofóbica medicamentosas de aminoácidos sidechains – R grupos de phe106 e ile108 de um monômero pack contra ile272 e leu273 dos outros e formam um núcleo hidrofóbico;
iônica títulos (sal pontes) entre quatro pares de aminoácidos de cadeias laterais expostas ao solvente (água);
iônica bond pares (arg96-glu300 e arg103-glu304) que são inacessíveis para solvente e que provavelmente particularmente forte iônica títulos.,
the two carboxi termini project from the face that binds the remainder of the pol III holoenzyme. Note que esta face contém loops proeminentes que são adequados para ligar outras subunidades pol III.
cada monómero compreende três domínios com uma estrutura quase idêntica, mas não uma sequência de aminoácidos idêntica. Os domínios amino, central e carboxi cada um abrigam uma camada externa de duas folhas beta que suportam 2 hélices Alfa internas. Assim, o núcleo do grampo dimérico é forrado com 12 hélices alfa (2 hélices/domínio x 3 domínios/monômero x 2 monômeros).,
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III. Interaction with DNA
The 35 Angstrom hole of the beta dímero is large enough to accommodate double helicical nucleic acid with little steric hindrance as modeled here for B-DNA (~20 Angstrom diameter). A inclinação das 12 hélices Alfa centrais é similar devido ao arranjo simétrico dos seis domínios. O eixo de cada hélice alfa pode ser visto como sendo perpendicular à espinha dorsal de fosfato de açúcar de ambos os grandes e menores ranhuras de DNA quando o DNA é modelado perpendicular ao plano do anel do grampo beta., Muitas proteínas de ligação ao ADN contêm hélices alfa que são orientadas paralelamente à espinha dorsal do ácido nucleico. Esta orientação permite que as hélices Alfa reconheçam e se encaixem no maior sulco do DNA alvo. Em contraste, a orientação perpendicular das hélices beta clamp e da coluna vertebral do DNA parece projetada para impedir o acesso da proteína a qualquer ranho de DNA e, portanto, para facilitar o rápido deslizamento do grampo ao longo do eixo do DNA.,
estes princípios são válidos para a interacção com duplexes ADN-ARN de forma a (~25 Diâmetro Angstrom), encontrados no local de fixação inicial da subunidade Beta no modelo RNA-primed do início de um fragmento de Okazaki.