CRISPR/Cas9 nucleaze au fost aplicate pe scară largă pentru modificarea genomului în diverse organisme. Cas9 nucleaze complexat cu un ghid de ARN (Cas9-gRNA) a-și găsi țintele de scanare și interogarea ADN genomic pentru secvențe complementare gRNA., Recunoașterea secvenței țintă ADN necesită un motiv adiacent protospacer scurt (PAM) situat în afara acestei secvențe. Având în vedere că eficiența Locației țintă poate depinde de puterea interacțiunilor care promovează recunoașterea țintei, aici am căutat să comparăm afinitățile diferitelor nucleaze Cas9 pentru secvențele lor Pam înrudite., În acest scop, am măsurat afinități de Cas9 nucleaze de Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, și Francisella novicida complexat cu ghid RNAs (gRNAs) (SpCas9-gRNA, SaCas9-gRNA, și FnCas9-gRNA, respectiv) și de trei proiectat SpCas9-gRNA variante cu alterarea PAM particularitățile de scurt, PAM-conțin sonde ADN. Am folosit un „far” test care măsoară relativ afinități de sonde ADN-ului de a determina capacitatea lor de a competitiv afecta rata de Cas9-gRNA obligatoriu sa etichetati fluorescent țintă de ADN numite „Cas9 balize.,”Am observat diferențe semnificative în afinitățile secvențelor Pam înrudite între enzimele Cas9 studiate. Relativă afinități de SpCas9-gRNA și inginerie variante canonice și suboptimal PAMs corelate cu constatările anterioare privind eficiența acestor PAM secvențe din genomul de editare. Aceste constatări sugerează că afinitatea ridicată a unei nucleaze Cas9 pentru PAM-ul său cognat promovează o eficiență mai mare de editare a genomului.