Im Alter von 22 Jahren trat Iwatani 1977 dem japanischen Videospielverlag Namco bei. Bevor er beigetreten war, hatte Namco die Rechte an der japanischen Division von Atari, Inc. erworben. von Nolan Bushnell, ihnen die Rechte zu geben, viele der Spiele des Unternehmens zu verteilen, wie Breakout, im ganzen Land. Dies wurde zu einem beispiellosen Erfolg für Namco und machte sie daran interessiert, ihre eigenen Videospiele im eigenen Haus zu produzieren, anstatt sich auf andere Unternehmen zu verlassen, um Spiele für sie zu machen. Iwatani wurde bei seiner Ankunft in die Videospielentwicklungsabteilung des Unternehmens versetzt., Ursprünglich wollte er Flipperautomaten herstellen, Namco-Führungskräfte lehnten die Idee jedoch aufgrund patentbezogener Probleme ab. Als eine Art Kompromiss durfte Iwatani ein Videospiel erstellen, das auf dem Konzept von Flipper basierte. Mit der Unterstützung des Programmierers Shigeichi Ishimura schuf Iwatani Gee Bee, das 1978 veröffentlicht wurde. Obwohl Gee Bee nicht so erfolgreich war, wie das Unternehmen gehofft hatte, half es Namco, auf dem allmählich wachsenden Videospielmarkt Fuß zu fassen. 1979 wurden zwei Fortsetzungen veröffentlicht, Bomb Bee und Cutie Q, an denen Iwatani als Designer arbeitete.,
Gegen Ende des Jahres 1979 wurde Iwatani gegenüber der Videospielindustrie enttäuscht und dachte, dass der Markt nur Männer ansprach, indem er gewalttätige „Kriegsspiele“ wie Space Invaders und an Pong erinnernde Sportspiele einsetzte. Er beschloss, ein Videospiel zu erstellen, das Frauen ansprach, mit süßem, farbenfrohem Charakterdesign und leicht verständlichem Gameplay, das auf dem Konzept des Essens basiert. In Zusammenarbeit mit einem kleinen Team von neun Mitarbeitern entwickelte Iwatani Pac-Man, das am 22.Mai 1980 auf den Markt kam und im Juli in Japan und im Oktober in Nordamerika veröffentlicht wurde., Während es sich in Japan nur als mäßiger Erfolg erwies und von Namcos eigenem Galaxian übertroffen wurde, war Pac-Man in Nordamerika ein astronomischer Erfolg, verkaufte schnell über 100.000 Arcade-Einheiten und wurde zum meistverkauften und umsatzstärksten Arcade-Spiel aller Zeiten. Pac-Man ist seitdem Namcos erfolgreichstes Videospiel aller Zeiten und der Signature-Titel des Unternehmens. Nach seiner Freilassung wurde Iwatani in die Reihen von Namco befördert und wurde schließlich für die Überwachung der Verwaltung des Unternehmens verantwortlich., Trotz des Erfolgs von Pac-Man erhielt Iwatani weder einen Bonus noch eine Gehaltsänderung. Eine oft wiederholte Geschichte ist, dass Iwatani Namco wütend über das Fehlen jeglicher Anerkennung oder Ergänzungen zu seinem Gehalt gelassen hat, was er für falsch gehalten hat.
Iwatani entwarf 1983 Libble Rabble, ein Twin-Stick-Puzzler, der auf einem Spiel basiert, das er in seiner Kindheit gespielt hatte. Iwatani behauptet, Libble Rabble sei sein Lieblingsspiel. Er arbeitete auch als Produzent für viele Arcade-Spiele von Namco, darunter Rally-X, Galaga, Pole Position, Ridge Racer und Time Crisis., Ab April 2005 lehrte er als Gastprofessor das Fach Charakterdesign an der Osaka University of Arts. Iwatani verließ Namco im März 2007, um hauptamtlicher Dozent an der Tokyo Polytechnic University zu werden. Iwatani kehrte 2007 zu seinen Pac-Man-Wurzeln zurück, als er die Pac-Man Championship Edition für die Xbox 360 entwickelte, von der er sagt, dass sie das letzte Spiel ist, das er entwickeln wird.
Am 3. Juni 2010 erhielt Iwatani auf dem Festival of Games ein Zertifikat von Guinness World Records für Pac-Man mit den weltweit meisten“ Münzautomaten“: 293.822., Der Rekord wurde 2005 aufgestellt und anerkannt und in der Guinness World Records: Gamer ‚ s Edition 2008 aufgenommen.