Bonaparte var kendt for at være klar til fornyet krig, og to dage, før den brød ud, Nelson, i Maj 1803, fik kommandoen i Middelhavet, hejse sit flag i den Sejr. Igen var han til blokade Toulon, nu med det formål af forebygge, et rendezvous mellem de franske skibe, der med dem, der er i Brest i Atlanterhavet, efter at Spanien har erklæret krig mod Storbritannien, med spanske skibe fra Cartagena og Cádiz., En samlet styrke af denne størrelse kunne godt sætte Bonaparte i stand til at invadere England; og i begyndelsen af 1805 beordrede Napoleon, som året før havde kronet sig til kejser, flåderne til at konvergere til dette formål. De franske og spanske eskadriller var at bryde gennem den Britiske blokade; kør til vestindien; og efter hærger Britiske besiddelser og handel, vender tilbage over Atlanten i en enkelt uovervindelige flåde til at ødelægge den Britiske nær Ouessant, en ø ud for Bretagnes, og tage kontrol over den engelske Kanal, mens det blev krydset af en invaderende hær 350.000.,
i Marts brød Admiral Pierre Villeneuve, som skulle have overordnet kommando, ud af Toulon under dækning af dårligt vejr og forsvandt. Nelson satte sig i forfølgelsen. Villeneuve afkortede sin plyndring, men hans flåde blev opfanget og beskadiget af en britisk eskadrille. Undlader at vinde kontrol over den Engelske Kanal, han kørte sydpå til C .di..Nelson satte ind i Gibraltar, lavede dispositioner til blokaden af Cdidi.og vendte tilbage til England., I løbet af sine 25 dage derhjemme planlagde han strategien for konfrontationen med de fransk-spanske flåder, der syntes uundgåelig; 34 fjendtlige skibe blev blokeret i C .di.af mindre antal under Admiral Cuthbert Colling .ood. Selvom Napoleon, der opgav planen om en cross-Channel invasion, begyndte at omfordele den store hær, i Storbritannien syntes faren for invasion lige så presserende som nogensinde, og Nelson syntes landets håb.
da hans ordrer kom, sejlede Nelson den 15.September i sejren. Han var nu på højden af sine professionelle kræfter., Tilbedt af både hans officerer og sejlere, han var overbevist om, at hans kaptajner forstod hans taktiske tænkning så godt, at det mindste af konsultation ville være påkrævet. På sin 47-års fødselsdag spiste han 15 kaptajner i sit flagskib og skitserede sine planer om at bringe en “pell-mell-kamp”, hvor Britisk gunnery og offensiv ånd ville være afgørende. Han planlagde at gå videre med de fransk-spanske flåder i to divisioner for at bryde deres linje og ødelægge dem stykkevis. Dette var den endelige opgivelse af den traditionelt stive taktik at kæmpe i kamplinjen.,
efter at have modtaget Napoleons ordrer om, at han skal bryde blokaden, sejlede Villeneuve den 20.oktober ud af C .di.. Ved daggry næste dag, den Fransk-spanske flåder var i silhuet mod solopgangen ud for Kap Trafalgar, og Briterne begyndte at danne de to divisioner, hvor de skulle kæmpe, en ledet af Nelson, den anden af Collingwood. Da de modsatte flåder lukkede, gjorde Nelson sit berømte signal, ” England forventer, at enhver mand vil gøre sin pligt.,”Slaget ved Trafalgar rasede ved sin hårdeste omkring sejren, og en fransk snigskytte, der skød fra masten i Redoutable, skød Nelson gennem skulderen og brystet. Han blev båret nedenfor til kirurgen, og det var snart klart, at han var ved at dø. Da han fik at vide, at 15 fjendtlige skibe var blevet taget, svarede han: “det er godt, men jeg havde forhandlet om 20.”Thomas Hardy, hans flag kaptajn, kyssede panden i farvel og Nelson talte sine sidste ord,” nu er jeg tilfreds. Gudskelov, jeg har gjort min pligt.,”
selvom trafalgars sejr endelig gjorde Storbritannien sikkert mod invasion, blev det på det tidspunkt overskygget af nyheden om Nelsons død. Et land fyldt med sorg gav ham en fornem begravelse i St. Paul ‘ s Cathedral, og hans popularitet blev indspillet i utallige monumenter, gader og andre opkaldt efter ham, og, til sidst, i bevaring i Portsmouth for Sejr. Emma Hamilton og hans datter blev imidlertid ignoreret. Emma døde, næsten fattig, i Calais ni år senere., Horatia, der viste sin fars modstandsdygtighed, giftede sig med en præst i Norfolk og blev mor til en stor og robust familie.