I. Johdanto
II. Monomeerin ja Dimeerin Rakenne
III. Vuorovaikutus DNA: n kanssa
IV. Referenssit
Ohjeet
ole hyvä ja jätä kommentteja/ehdotuksia tai ota tunnustaa tämän sivuston käyttöä käymällä meidän palaute-sivu,
Tämä näyttely näyttää molekyylejä, vasen osa näytön, ja teksti, joka käsittelee rakenne-toiminta suhteet molekyylien oikea osa (alla). Käytä vierityspalkkia oikealle vierittääksesi tekstin läpi., Jos käytät muuta selainta kuin Firefoxia (suositeltu selain tälle sivustolle), muista sallia ponnahdusikkunat. Chromessa voit klikata osoiterivin oikeassa osassa olevaa ponnahdusikkunan esto-kuvaketta..
herättää rappaukset molekyylin, jotka kuvaavat erityisesti kohdat, napsauta radio painikkeet:
klikkaa ladata ATE painikkeet, kun läsnä.
nollaa molekyyli, käytä reset-painikkeet:
Jos muutat selainikkunan, vain päivitä sivu, jotta voidaan palauttaa asianmukaisen katseluun.
I., Johdanto
merkittävä, donitsin muotoinen molekyyli vasemmalla on E. coli-bakteerin (pol III) DNA-polymeraasi III: n beeta-alayksikkö. Tämä alayksikkö mahdollistaa holoentsyymin huomattavan processiviteetin DNA: n replikaation aikana. Processivity tarkoittaa polymeraasien kykyä lisätä useita satoja tai tuhansia nukleotideja kasvavaan ketjuun ilman, että ne hajoavat mallista. Processivity selittää osittain DNA-polymeraasien nopean DNA-synteesin. Esimerkiksi kolibakteeri replikoi koko genominsa ~40 minuutissa (~80 000 bp/min)., Pol III beta-alayksikkö on renkaan muotoinen puristin, joka kattaa DNA keski-35 ångström reikä, kiinniottamiseksi jäljellä pol III malliin.
palaa alkuun näyttely
II. Monomeerin ja Dimeerin Rakenne
beeta-alayksikkö on homodimer kaksi, 366 aminohappo monomeerit, kukin monomeeri tarjoaa yksi puoli puristin.
dimeeri käyttöliittymä on romaani, jatkoa, koko monomeerin rajan, ja beta-arkki, rakenne, erottaa intra-monomeeri beta-levyt (yksi käyttöliittymä on esitetty tässä).,ur vahvat vetysidokset, että linkki beta-säikeitä poikki käyttöliittymä, on olemassa useita muita yhteyksiä auttaa vakauttamaan dimeeri, mukaan lukien:
hydrofobinen vuorovaikutus aminohappo sidechains – R-ryhmien phe106 ja ile108 yhden monomeerin pack vastaan ile272 ja leu273 muiden ja muodostavat hydrofobinen ydin;
ionic joukkovelkakirjojen (suolaa sillat) välillä neljä paria aminohappo puolella ketjut alttiina liuotin (vesi);
ionic bond paria (arg96-glu300 ja arg103-glu304), jotka ovat saavuttamattomissa liuotin ja jotka todennäköisesti muodostavat erityisen vahva ionisidoksia.,
kaksi karboksi termini-hanke kasvot, joka sitoo jäljellä Pol III holoenzyme. Huomaa, että tämä kasvot sisältää näkyviä silmukoita, jotka sopivat hyvin sitomaan muita pol III alayksiköitä.
jokainen monomeeri käsittää kolme domeenia, joilla on lähes identtinen rakenne, mutta ei identtinen aminohapposekvenssi. Amino -, Keski-ja karboksi-verkkotunnuksissa on jokaisessa kahden beta-arkin ulompi kerros, joka tukee 2 sisäistä alfa-heliittiä. Siten ydin dimeric puristin on vuorattu 12 alfa-heliksejä (2 heliksejä/domain x 3 verkkotunnukset/monomeeri x 2 monomeerit).,
palaa alkuun näyttely
III. Vuorovaikutusta DNA: n kanssa
35 Ångström reikä beta-dimeeri on tarpeeksi suuri mahtuu kaksinkertainen kierukka nukleiinihapon kanssa vähän steric haittaa kuin mallinnettu täällä B-DNA (~20 Ångström halkaisija). 12 Keskisen alfa-heliksen kallistus on samanlainen kuuden verkkotunnuksen symmetrisen järjestelyn vuoksi. Akselin kunkin alfa helix voidaan nähdä olevan kohtisuorassa sokeri-fosfaatti selkäranka sekä suuria ja pieniä DNA-urat, kun DNA on mallinnettu kohtisuorassa tasossa beta kiristysrenkaalla., Monet DNA: ta sitovat proteiinit sisältävät alfa-helieettejä, jotka ovat suuntautuneet yhdensuuntaisesti nukleiinihapon selkärangan kanssa. Tämä suunta mahdollistaa alfa helices tunnistaa ja mahtua pääuraan kohde-DNA. Sen sijaan, kohtisuora suunta beta-clamp-heliksejä ja DNA: n selkäranka näyttää suunniteltu estämään pääsy proteiinia joko DNA groove ja näin ollen helpottaa nopeaa liukuva puristin pitkin DNA-akselilla.,
Näiden periaatteiden pidä vuorovaikutus-muodossa DNA-RNA-duplexes (~25 Ångström halkaisija), löytyy sivuston alkuperäinen kiristys Beta-alayksikkö klo RNA-pohjamaalattu-mallin alusta on Okazaki-fragmentti.