Professori Winthrop oli yksi merkittävimmistä miehistä tieteen Amerikassa aikana 18-luvulla, ja hänen vaikutus sen aikaisin etukäteen New England oli erityisen merkittävä. Sekä Benjamin Franklin että Benjamin Thompson (kreivi Rumford) olivat todennäköisesti suuren osan varhaisesta kiinnostuksestaan tieteellistä tutkimusta kohtaan hänen vaikutusvaltaansa. Hänellä oli myös ratkaiseva vaikutus John Adamsin varhaiseen filosofiseen opetukseen tämän ollessa Harvardissa., Hän oli säännöllisesti kirjeenvaihdossa Royal Societyn kanssa Lontoossa—sellaisena hän oli ensimmäisiä amerikkalaisia intellektuelleja, jotka otettiin vakavasti Euroopassa. Hänet valittiin elvytettyyn American Philosophical Societyyn vuonna 1768. Hän oli huomattava yrittää selittää suuri Lissabonin maanjäristys 1755 kuin tieteellinen—pikemminkin kuin uskonnolliset—ilmiö, ja hänen soveltaminen matemaattisia laskelmia maanjäristys toimintaa seuraava suuri järistys muodostivat perustan väitteen hänen puolestaan, koska perustaja tieteen seismologian., Lisäksi hän totesi kauttakulkua Mercury vuonna 1740 ja 1761 ja matkusti Newfoundlandiin tarkkailla Venuksen ylikulku. Hän matkusti laivalla esittänyt Maakunta Massachusetts—luultavasti ensimmäinen tieteellinen retkikunta koskaan lähettänyt mitään alkava Amerikan valtio.
hän toimi Harvardin virkaatekevänä presidenttinä vuonna 1769 ja uudelleen vuonna 1773, mutta kieltäytyi joka kerta tarjouksesta koko puheenjohtajuudesta vanhuuteen vedoten., Yhdeksän kuukauden aikana vuonna 1775-1776, kun Harvardin muutti Concord, Massachusetts, Winthrop miehitetty talo, joka olisi tullut kuuluisaksi Kelkasta, koti Louisa May Alcott ja Nathaniel Hawthorne. Lisäksi hän oli aktiivisesti kiinnostunut julkisten asioiden, oli useita vuosia tuomari testamentin Middlesex County, oli jäsen Kuvernöörin Neuvoston 1773-74, ja myöhemmin tarjosi paino hänen vaikutuksensa isänmaallinen aiheuttaa Vallankumouksen. Hän julkaisi:
- luento on Earthquakes (1755)
- vastaus Mr., Prinssin Kirjeen Maanjäristykset (1756)
- Huomioon Joitakin Tulinen Meteorit (1755)
- Kaksi Luentoja, Parallaksi (1769)