CRISPR/Cas9 nukleaaseja on ollut laajasti käytössä genomin muokkaaminen eri organismien. Cas9 nukleaaseja kompleksoida opas-RNA (Cas9-gRNA) löytää heidän tavoitteensa skannaamalla ja kuulustelee genomista DNA-sekvenssit täydentää gRNA., DNA: n kohdejakson tunnistaminen vaatii lyhyen protospacer adjacent Motifin (PAM), joka sijaitsee tämän sekvenssin ulkopuolella. Kun otetaan huomioon, että tehokkuus kohde sijainti voi riippua vahvuus vuorovaikutusta, joka edistää kohteen tunnistus, täällä me haluttiin verrata yhtäläisyyksiä eri Cas9 nukleaaseja heidän sukulais PAM sekvenssit., Tämän vuoksi mittasimme yhtäläisyyksiä ja Cas9 nukleaaseja alkaen Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, ja Francisella novicida kompleksoida opas RNAs (gRNAs) (SpCas9-gRNA, SaCas9-gRNA, ja FnCas9-gRNA, vastaavasti) ja kolmen suunniteltu SpCas9-gRNA variantteja muuttaa PAM erityispiirteet lyhyitä, PAM sisältäviä DNA-koettimia. Käytimme ”majakka” menetelmällä, joka mittaa suhteellista yhtäläisyyksiä DNA-koettimien määrittämällä niiden kyky kilpailukykyisesti vaikuttaa määrä Cas9-gRNA sitova fluoresoivasti merkitty kohde-DNA johdannaisia kutsutaan ”Cas9 majakkaa.,”Havaitsimme merkittäviä eroja kognitiivisten PAM-sekvenssien affiniteetissa tutkittujen Cas9-entsyymien keskuudessa. Suhteellinen yhtäläisyyksiä ja SpCas9-gRNA ja sen suunniteltu vaihtoehtoja kanoninen ja optimaalinen Pamit korreloi aiempien tutkimusten tulokset, tehokkuus näistä PAM-sekvenssit genomin editointi. Havainnot viittaavat siihen, että Cas9-nukleaasin suuri affiniteetti sen kognaattiin PAMiin edistää suurempaa genomin muokkaustehokkuutta.