Bonaparte volt ismert, hogy készül a megújult háború, és, két nappal azelőtt, hogy kitört, Nelson, május 1803, kapott parancsot a Földközi-tengeren, emelő zászlóját a győzelem. Egyszer volt blokád Toulon, de most az a célja, hogy megakadályozza egy randevú között a francia hajók, azok a Brest az Atlanti-óceánon, miután Spanyolország hadat üzent nagy-Britannia, a spanyol hajók Cartagena, Cádiz., Egy ilyen méretű együttes erő lehetővé tenné Bonaparte számára, hogy megszállja Angliát; 1805 elején Napóleon, aki az előző évben császárrá koronázta magát, elrendelte, hogy a flották konvergáljanak erre a célra. A francia-spanyol század volt, hogy tört át a Brit blokád; fut a Nyugat-indiából; aztán, miután pusztít Brit javak, valamint a kereskedelem, vissza az Atlanti-óceánon, egyetlen legyőzhetetlen flotta, hogy elpusztítsa a Brit közelében Ushant, egy sziget Bretagne, s vegye át az irányítást a magyar Csatorna, amíg át egy megszálló hadsereg 350,000.,
márciusban Pierre Villeneuve admirális, aki a teljes parancsnokságot töltötte be, rossz idő miatt kitört Toulonból, és eltűnt. Nelson üldözőbe vette. Villeneuve rövidre zárta a hadjáratot, de flottáját egy brit osztag elfogta és megrongálta. Mivel nem tudta megnyerni a La Manche csatorna irányítását, délre futott Cádizba.
Nelson Gibraltárba került, Cádiz blokádjára kötelezte magát, és visszatért Angliába., Otthon töltött 25 napja alatt megtervezte a francia-spanyol flottákkal való konfrontáció stratégiáját, amely elkerülhetetlennek tűnt; Cádizban 34 ellenséges hajót blokkoltak kisebb számban Cuthbert Collingwood admirális alatt. Bár Napóleon, felhagyva a csatorna-invázió tervével, elkezdte újratervezni a nagy hadsereget, Nagy-Britanniában az invázió veszélye ugyanolyan sürgetőnek tűnt, mint valaha, Nelson pedig megjelent az ország reményében.
amikor parancsai megérkeztek, Nelson szeptember 15-én vitorlázott a győzelemben. Most a szakmai hatáskörének csúcsán volt., Tisztjei és matrózai egyaránt imádták, biztos volt benne, hogy kapitányai olyan jól megértik taktikai gondolkodását, hogy minimális konzultációra van szükség. 47. születésnapján 15 kapitányt vezényelt zászlóshajójába, és felvázolta azt a tervét, hogy olyan “pell-mell csatát” hozzon létre, amelyben a brit fegyverkezés és támadó szellem meghatározó lesz. Azt tervezte, hogy két hadosztályban előrenyomul a francia-spanyol flottákon, hogy megtörjék a vonalukat, és darabokra törjék őket. Ez volt a végső elhagyása a hagyományosan merev taktikának a harcvonalban.,
miután megkapta Napóleon parancsát, hogy meg kell szüntetnie a blokádot, Villeneuve október 20-án kihajózott Cádizból. Másnap hajnalban a francia-spanyol flottákat a Trafalgar-fok közelében lévő napkelte ellen alakították ki, és a britek elkezdték kialakítani azt a két hadosztályt, amelyben harcoltak, az egyik Nelson vezette, a másik Collingwood vezette. Ahogy az ellenfél flottái bezártak, Nelson híres jelzést adott: “Anglia elvárja, hogy minden ember megteszi a kötelességét.,”A trafalgari csata hevesen tombolt a győzelem körül, és egy francia mesterlövész, aki a Redoutable árbocáról lőtt, vállon és mellkason lőtte Nelsont. A férfit a sebészhez vitték, és hamar kiderült, hogy haldoklik. Amikor azt mondta, hogy 15 ellenséges hajót elvittek, azt válaszolta: “Ez rendben van, de alkudtam 20-ra.”Thomas Hardy, a zászlós kapitánya búcsúban megcsókolta a homlokát, Nelson pedig az utolsó szavait mondta:” most elégedett vagyok. Hála Istennek, megtettem a kötelességem.,”
bár Trafalgar győzelme végül biztonságossá tette Nagy-Britanniát az invázió ellen, akkor a Nelson halálának hírét elhomályosította. Egy gyászos ország fenséges temetést adott neki a Szent Pál-székesegyházban, népszerűségét számtalan emlékműben, utcán és fogadóban jegyezték fel, amelyeket róla neveztek el, végül pedig a győzelem Portsmouth-i megőrzésében. Emma Hamiltont és lányát azonban nem vették figyelembe. Emma kilenc évvel később Calais-ban halt meg, szinte nélkülözve., Horatia, megmutatva apja rugalmasságát, feleségül vett egy norfolki papot, aki egy nagy, erős család anyja lett.