Il sito e il suo entroterra sono diminuiti e alla fine sono stati abbandonati, probabilmente a causa del degrado ambientale, anche se è stato suggerito che la malattia, il cambiamento climatico, lo stress sociale e la guerra potrebbero aver contribuito a fattori., La popolazione ha posto notevoli richieste di risorse di legno per il carburante e la costruzione e, durante i primi secoli di occupazione della città, bonificato le foreste a monte del sito. Lo spartiacque denudato ha prodotto tassi notevolmente aumentati di deflusso, erosione e inondazioni estive fuori stagione nei campi di Cahokia, causando il fallimento delle colture e il declino della produzione complessiva. Le conseguenze economiche e sociali furono disastrose, probabilmente portando alla fame, alla perdita di fiducia nella leadership, all’aumento della competizione per la terra e alla guerra regionale., Durante quel periodo, gli abitanti costruirono una serie di fortificazioni in legno palizzata attraverso enormi sforzi-chiara prova di minacce esterne che in precedenza non erano esistite. La città fu lentamente abbandonata e i suoi occupanti si spostarono a est, sud e ovest, dove furono probabilmente assimilati da altri gruppi nativi americani.,
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Gli archeologi hanno studiato Cahokia dalla fine del 19 ° secolo, ma solo una piccola percentuale del sito è stata scavata. I ricercatori hanno cercato di determinare quando ogni tumulo è stato costruito e per quali scopi, come e quando sono stati istituiti i quartieri d’élite e comuni, come le varie classi (ad esempio, operai, artigiani ed élite) hanno interagito, e come Cahokia ha interagito con il suo entroterra, compresi i suoi sobborghi., Hanno anche cercato di determinare con precisione il numero di persone che vivevano a Cahokia (le stime vanno da un picco di 8.000 a 40.000) e la composizione occupazionale della società. Un centro interpretativo sul terreno comprende un villaggio ricreato e informazioni sul sito. Gli sforzi di conservazione si sono concentrati sull’acquisizione di più aree di tumulo per il sito storico statale e sulla lotta all’erosione del tumulo, in particolare i guasti catastrofici del pendio che si sono verificati sui lati est e ovest del tumulo dei monaci dalla metà degli anni ‘ 80.