DNA microarray (Italiano)

• Recensito dal Dr. Tomislav Meštrović, MD, Ph. D.

  Il microarray è una tecnologia recentemente sviluppata utilizzata nella ricerca sul cancro e nel trattamento farmacologico di altre malattie come le lesioni orali. In questa tecnologia, viene utilizzato un vetrino da microscopio (normalmente un array 2D in vetro, chip di silicio o membrana di nylon) stampato con migliaia di punti minuti in posizioni definite.

  ©DAndre Nante/.,com

  Il microarray del DNA (chip del gene, chip del DNA, o biochip) è una tale tecnologia che misura il DNA o usa il DNA come componente del suo sistema di rilevazione. In ciascuno dei punti in questo array, una sequenza di DNA noto o gene è ordinata.

  Complessivamente, i campioni di tutti i genomi di un organismo possono essere presenti in una singola diapositiva. Un database di computer viene quindi utilizzato per registrare la posizione e la sequenza di ogni punto. Queste sequenze di DNA sono confrontate tra loro per ottenere le informazioni necessarie., Questa tecnica consente ai ricercatori di indagare e analizzare l’espressione di migliaia di geni in una singola reazione e affrontare problemi che si ritiene non rintracciabili.

  Principio e tecnica

  Il principio di base dietro il microarray del DNA è “ibridazione dell’acido nucleico”. In questo processo, due filamenti complementari di un DNA sono uniti tra loro da legami idrogeno per formare una molecola a doppio filamento. Questo aiuta i ricercatori a confrontare e analizzare le molecole di DNA o RNA di sequenze identiche.,

  La tecnica si compone di tre sezioni principali:

  1. Preparazione di un chip di DNA
  2. L’esperimento
  3. la Raccolta e l’analisi dei risultati
  • Preparazione di chip di DNA e l’esperimento

  vengono utilizzati Diversi metodi per preparare una macchiato array. In alcuni casi, sonde già progettate attaccate ad aghi sottili vengono stampate su una superficie a matrice chimica utilizzando un robot (surface engineering). La chimica e il mascheramento fotoattivati vengono utilizzati anche per realizzare sonde, che possono anche essere acquistate nei negozi.,

  La procedura di reazione del DNA microarray si svolge in diversi passaggi:

  1. Raccolta di campioni – un campione può, in questo caso, essere definito come la cellula / tessuto dell’organismo su cui si desidera condurre lo studio. Vengono raccolti due tipi di campioni: cellule sane e cellule infette, per il confronto e per ottenere i risultati.
  2. L’isolamento dell’mRNA-RNA viene estratto dal campione utilizzando una colonna o un solvente come il fenolo-cloroformio. Dall’RNA estratto, l’mRNA viene separato lasciando dietro di sé rRNA e tRNA., Poiché l’mRNA ha una coda poli-A, le perle di colonna con code poli-T vengono utilizzate per legare l’mRNA. Dopo l’estrazione, la colonna viene risciacquata con tampone per isolare l’mRNA dalle perline. Buffer disturba i legami ibridi tra l’mRNA e perline disturbando il pH.
  3. Creazione di cDNA etichettati – per creare cDNA (DNA complementare strand), trascrizione inversa del mRNA è fatto. Entrambi i campioni vengono poi incorporati con diversi coloranti fluorescenti per la produzione di filamenti fluorescenti cDNA. Questo aiuta a distinguere la categoria di esempio dei CDNA.,
  4. Ibridazione – i CDNA etichettati da entrambi i campioni sono collocati nel microarray di DNA in modo che ogni cDNA venga ibridato al suo filamento complementare; sono anche accuratamente lavati per rimuovere sequenze illimitate.
  • Raccolta e analisi

  La raccolta dei dati viene effettuata utilizzando uno scanner microarray. Questo scanner è costituito da un laser, un computer e una fotocamera. Il laser eccita la fluorescenza del cDNA, generando segnali.

  Quando il laser esegue la scansione della matrice, la fotocamera registra le immagini prodotte., Quindi il computer memorizza i dati e fornisce immediatamente i risultati. I dati così prodotti vengono quindi analizzati. La differenza nell’intensità dei colori per ogni punto determina il carattere del gene in quel particolare punto.,costoso

• array fornire una misura indiretta della concentrazione relativa
• Specialmente per i complessi genomi dei mammiferi, è spesso difficile per la progettazione di matrici in cui più di DNA/RNA sequenze non associare la stessa sonda array
• UN DNA array può solo rilevare sequenze che l’array è stato progettato per rilevare

bibliografia

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