All’età di 22 anni, Iwatani si unì all’editore giapponese di videogiochi Namco nel 1977. Prima di entrare, Namco aveva acquisito i diritti per la divisione giapponese di Atari, Inc. da Nolan Bushnell, dando loro i diritti di distribuire molti dei giochi della società, come Breakout, in tutto il paese. Questo è diventato un successo senza precedenti per Namco, e li ha resi interessati a produrre i propri videogiochi in-house invece di fare affidamento su altre aziende per fare giochi per loro. Iwatani è stato assegnato alla divisione di sviluppo di videogiochi della società all’arrivo., Originariamente voleva creare flipper, tuttavia i dirigenti Namco hanno rifiutato l’idea a causa di problemi relativi ai brevetti. Come una sorta di compromesso, Iwatani è stato permesso di creare un videogioco basato sul concetto di flipper. Con l’assistenza del programmatore Shigeichi Ishimura, Iwatani creò Gee Bee, pubblicato nel 1978. Sebbene non abbia avuto il successo sperato dalla società, Gee Bee ha aiutato Namco a prendere piede nel mercato dei videogiochi in graduale espansione. Due sequel sono stati rilasciati nel 1979, Bomb Bee e Cutie Q, che Iwatani ha lavorato come designer.,
Verso la fine del 1979, Iwatani crebbe deluso verso l’industria dei videogiochi, pensando che il mercato piacesse solo agli uomini attraverso il suo uso di giochi violenti “di guerra”, come Space Invaders, e giochi sportivi che ricordano Pong. Decise di creare un videogioco che piacesse alle donne, con un character design carino e colorato e un gameplay facile da capire, basato sul concetto di mangiare. Lavorando con un piccolo team di nove dipendenti, Iwatani ha creato Pac-Man, test-commercializzato il 22 maggio 1980 e rilasciato in Giappone a luglio e in Nord America a ottobre., Mentre si è rivelato solo un moderato successo in Giappone, essendo sovraperformato dal Galaxian di Namco, Pac-Man è stato un successo astronomico in Nord America, vendendo rapidamente oltre 100.000 unità arcade e diventando il gioco arcade più venduto e di maggior incasso di tutti i tempi. Pac-Man da allora è diventato il videogioco di maggior successo di Namco di tutti i tempi e il titolo di firma dell’azienda. Dopo il suo rilascio, Iwatani è stato promosso all’interno delle file di Namco, alla fine diventando responsabile della supervisione dell’amministrazione della società., Nonostante il successo di Pac-Man, Iwatani non ha ricevuto alcun tipo di bonus o cambio di stipendio. Una storia spesso ripetuta è che Iwatani ha lasciato Namco furioso per la mancanza di qualsiasi riconoscimento o aggiunta alla sua paga, che ha affermato di essere falsa.
Iwatani ha continuato a progettare Libble Rabble nel 1983, un puzzle twin-stick basato su un gioco che aveva giocato nella sua infanzia. Iwatani sostiene Libble Rabble di essere il suo gioco preferito. Ha anche lavorato come produttore per molti dei giochi arcade di Namco, tra cui Rally-X, Galaga, Pole Position, Ridge Racer e Time Crisis., Dall’aprile 2005, ha insegnato il tema degli studi di Character Design presso l’Università delle Arti di Osaka come visiting professor. Iwatani ha lasciato Namco nel marzo 2007 per diventare un docente a tempo pieno presso la Tokyo Polytechnic University. Iwatani è tornato alle sue radici Pac-Man in 2007 quando ha sviluppato Pac – Man Championship Edition per Xbox 360, che afferma è il gioco finale che svilupperà.
Il 3 giugno 2010, al Festival dei Giochi, Iwatani ha ricevuto un certificato dal Guinness World Records per Pac-Man che ha il maggior numero di “macchine arcade a gettoni” installate in tutto il mondo: 293.822., Il record è stato stabilito e riconosciuto nel 2005 e registrato nel Guinness World Records: Gamer’s Edition 2008.