DNA microarray

• beoordeeld door Dr. Tomislav Meštrović, MD, Ph. D.

  de microarray is een recent ontwikkelde technologie die wordt gebruikt in kankeronderzoek en in de farmacologische behandeling van andere ziekten zoals orale laesies. In deze technologie, wordt een microscoopdia (normaal een 2D reeks gemaakt van glas, siliciumspaanders, of nylon membraan) gedrukt met duizenden minieme vlekken in bepaalde posities gebruikt.

  ©DAndre Nante/.,com

  DNA microarray (gen chip, DNA chip of biochip) is een technologie die DNA meet of gebruikt als onderdeel van het detectiesysteem. In elk van de vlekken in deze serie, is een bekende opeenvolging van DNA of Gen ordelijk geschikt.

  in totaal kunnen de monsters van alle genomen van een organisme in één dia aanwezig zijn. Een computerdatabase wordt vervolgens gebruikt om de locatie en volgorde van elke plek vast te leggen. Deze DNA-sequenties worden met elkaar vergeleken om de benodigde informatie te krijgen., Deze techniek laat onderzoekers toe om de uitdrukking van duizenden genen in één enkele reactie te onderzoeken en te analyseren en kwesties aan te pakken die om niet traceerbaar worden verondersteld te zijn.

  Principe en techniek

  Het basisprincipe achter de DNA-microarray is “nucleïnezuurhybridisatie”. In dit proces, worden twee complementaire bundels van DNA samen door waterstofbanden verbonden om een double-stranded molecule te vormen. Dit helpt onderzoekers om de molecules van DNA of RNA van identieke opeenvolgingen te vergelijken en te analyseren.,

  de techniek bestaat uit drie belangrijke secties:

  1. voorbereiding van een DNA-chip
  2. het experiment
  3. verzameling en analyse van resultaten
  • voorbereiding van de DNA-chip en het experiment

  verschillende methoden worden gebruikt om een gevlekte array voor te bereiden. In sommige gevallen, reeds ontworpen sondes die zijn bevestigd aan fijne naalden worden afgedrukt op een chemische matrix oppervlak met behulp van een robot (surface engineering). Fotoactivated chemie en maskering worden ook gebruikt om sondes te maken, en deze kunnen ook worden gekocht bij winkels.,

  De reactieprocedure van DNA microarray vindt plaats in verschillende stappen:

  1. het verzamelen van monsters – een monster kan in dit geval worden gedefinieerd als de cel / het weefsel van het organisme waarop we het onderzoek willen uitvoeren. Er worden twee soorten monsters verzameld: gezonde cellen en geïnfecteerde cellen, ter vergelijking en om de resultaten te verkrijgen.
  2. isolatie van mRNA – RNA wordt uit het monster geëxtraheerd met behulp van een kolom of oplosmiddel zoals fenolchloroform. Van het geëxtraheerde RNA, wordt mRNA gescheiden achterlatend rRNA en tRNA., Aangezien mRNA een poly-a-staart heeft, worden de kolomparels met poly-t-staarten gebruikt om mRNA te binden. Na de extractie, wordt de kolom gespoeld met buffer om mRNA van de parels te isoleren. Buffer verstoort de hybride bindingen tussen mRNA en parels door de pH.
  3. creatie van geëtiketteerde cDNA te verstoren – om cDNA (complementaire DNA streng) te creëren, wordt omgekeerde transcriptie van mRNA gedaan. Beide monsters worden dan opgenomen met verschillende fluorescente kleurstoffen voor het produceren van fluorescente cDNA-bundels. Dit helpt in het onderscheiden van de steekproefcategorie van cDNAs.,
  4. hybridisatie-de geëtiketteerde cDNAs van beide steekproeven worden geplaatst in microarray van DNA zodat elke cDNA aan zijn bijkomende bundel wordt gekruist; zij worden ook grondig gewassen om onbegrensde opeenvolgingen te verwijderen.
  • verzameling en analyse

  het verzamelen van gegevens wordt gedaan met behulp van een microarray scanner. Deze scanner bestaat uit een laser, een computer en een camera. De laser wekt fluorescentie van cDNA op, die signalen produceren.

  wanneer de laser de array scant, registreert de camera de geproduceerde beelden., Vervolgens slaat de computer de gegevens op en geeft de resultaten onmiddellijk. De aldus geproduceerde gegevens worden dan geanalyseerd. Het verschil in intensiteit van de kleuren voor elke vlek bepaalt het karakter van het gen in die specifieke vlek.,duur

• De matrices geven een indirecte meting van de relatieve concentratie
• Speciaal voor complexe zoogdieren genomen, het is vaak moeilijk om de ontwerp-arrays die in meerdere verwante DNA/RNA-sequenties niet gebonden aan dezelfde probe op de array
• EEN DNA-array kan alleen detecteren sequenties die de reeks is ontworpen voor het detecteren

Verder Lezen

• Alle DNA-Inhoud
• DNA
• DNA-Sequentie Assemblage
• High-throughput DNA-Technieken
• Shotgun-Sequencing