Het CRISPR/Cas9 nucleases zijn op grote schaal toegepast voor het genoom bewerken in verschillende organismen. Cas9 nucleases gecomplexeerd met een gidsrna (Cas9-gRNA) vinden hun doelstellingen door genomic DNA af te tasten en te ondervragen voor opeenvolgingen complementair aan gRNA., Erkenning van de DNA-doelopeenvolging vereist een kort protospacer aangrenzend motief (PAM) dat buiten deze opeenvolging wordt gevestigd. Aangezien de efficiency van doellocatie van de sterkte van Interactie kan afhangen die doelherkenning bevorderen, probeerden wij hier affiniteiten van verschillende Cas9 nucleases voor hun verwante Pam opeenvolgingen te vergelijken., Hiertoe hebben we affiniteiten gemeten van Cas9 nucleases van Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, en Francisella novicida gecomplexeerd met guide RNAs (gRNAs) (SpCas9-gRNA, SaCas9-gRNA, en fncas9-gRNA, respectievelijk) en van drie geconstrueerde spcas9-gRNA varianten met veranderde PAM specificiteiten voor korte, PAM-bevattende DNA-sondes. Wij gebruikten een” baken “analyse die de relatieve affiniteiten van de sondes van DNA meet door hun capaciteit te bepalen om het tarief van Cas9-gRNA die aan fluorescently geëtiketteerde derivaten van doeldna te beà nvloeden genoemd” Cas9 bakens.,”We hebben significante verschillen waargenomen in de affiniteiten voor verwante PAM-sequenties tussen de bestudeerde Cas9-enzymen. De relatieve affiniteiten van SpCas9-gRNA en zijn geconstrueerde varianten voor canonieke en suboptimale PAMs correleerden met eerdere bevindingen over de efficiëntie van deze Pam-sequenties in genoombewerking. Deze bevindingen stellen voor dat de hoge affiniteit van een Cas9 nuclease voor zijn verwante PAM hogere genoom-het uitgeven efficiency bevordert.