Darwin begint met te zeggen dat hij aan boord van de HMS Beagle als naturalist in Zuid-Amerika observaties maakte over de dieren en het land die de basis vormden voor wat zijn theorie van natuurlijke selectie zou worden. Hij hoopt dat deze theorie, die hij in dit boek zal ontwikkelen, licht werpt op “het mysterie van mysteries”, de oorsprong van soorten.,Darwin vertelt hoe hij, toen hij in 1837 naar huis terugkeerde, dacht dat hij misschien iets de moeite waard had om te onderzoeken. In 1844 schrijft hij een schets van de conclusies waar zijn onderzoek naar wijst, maar hij houdt nog 15 jaar op met het uitbreiden van zijn ideeën, in plaats van verder onderzoek.
hij noemt zijn werk een abstract voor een groter boek dat nog vele jaren zal duren., Hij merkt op dat hij zich gedwongen voelde om zijn werk nu te publiceren na het lezen van het manuscript van Alfred Russel Wallace, die tot soortgelijke conclusies was gekomen als Darwin en op het punt stond zijn bevindingen te publiceren. Als een abstract merkt hij op dat het misschien onvolledig, onvolmaakt en soms ontbreekt aan referenties, maar dat alle vragen die zich voordoen zullen worden beantwoord wanneer hij zijn bevindingen volledig publiceert.Darwin erkent dat andere natuuronderzoekers de relaties tussen soortgelijke soorten hebben waargenomen, maar de oorzaak van deze veranderingen uitsluitend hebben toegeschreven aan externe omstandigheden zoals klimaat en voedsel., Hij ziet deze oorzaken als onvoldoende om de grote variatie in de natuur te verklaren. Om te onderzoeken welke andere krachten aan het werk zouden kunnen zijn zal hij eerst kijken naar zijn onderzoek met gedomesticeerde planten en dieren, ook al was dit niet een gangbare praktijk van andere naturalisten.
De inleiding sluit af met Darwin die uiteenzet in de argumenten die elk van de volgende hoofdstukken in meer detail zal onderzoeken., In het bijzonder legt hij uit dat eigenschappen kunnen overgaan van de ene generatie naar de volgende, dat in elke generatie meer individuen zullen worden geboren dan mogelijk kan overleven en degenen die overleven zullen dat doen vanwege lichte concurrentievoordelen die zij erven en bijgevolg doorgeven aan hun nageslacht. Deze natuurlijke selectie is wat er na verloop van tijd voor zorgt dat sommige soorten evolueren, anderen divergeren en hun eigen unieke soort worden en anderen uitsterven. Dit is waar, alle soorten zijn op een of andere manier verwant aan elkaar en niet onafhankelijk geschapen.