små nukleära ribonukleoproteiner (eller snRNPs) bildar den funktionella splicesome på pre‑mRNA och catalyze skarvning.
a. ”U” RNA och associerade proteiner. Små nukleära Rna (snRNAs) är ca 100 till 300 nts länge och kan vara så riklig som 105 106 molekyler per cell. De heter U följt av ett heltal. De viktigaste som deltar i skarvning är U1, U2, U4/U6 och U5 snRNAs. De är bevarade från jäst till människa., SnRNAs är associerade med proteiner för att bilda små nukleära ribonukleoproteinpartiklar eller snRNPs. SnRNPs är namngivna för snRNAs de innehåller, därav de viktigaste som är involverade i skarvning är U1, U2, U4/U6, U5 snRNPs.
en klass av proteiner som är gemensamma för många snRNPs är Sm-proteinerna. Det finns 7 Sm-proteiner, kallade B/ B’, D1, D2, D3, E, F, G. Varje Sm-protein har liknande 3-D-struktur, bestående av en alfa-helix följt av 5 beta-strängar. Sm-proteinerna interagerar via beta-strängarna och kan bilda cirkel runt RNA.,
en viss sekvens som är gemensam för många snRNAs känns igen av Sm-proteinerna och kallas”Sm RNA-motivet”.
b. användning av antikroppar från patienter med SLE., Flera av de vanliga snRNPs är erkända av det autoimmuna serumet som kallas anti-Sm, som ursprungligen genererades av patienter med den autoimmuna sjukdomen systemisk Lupus Erythematos. Ett av de kritiska tidiga experimenten som visade betydelsen av snRNPs i skarvning var demonstrationen att anti-Sm antisera är en potent hämmare av i vitrosplicing reaktioner. Således behövs målen för antisera, dvs Sm-proteiner i snRNPs, för skarvning.
c. Den snRNPs montera på pre-mRNA för att göra ett stort protein-RNA-komplex som kallas en spliceosome (Figur 3.3.17)., Katalys av skarvning sker inom spliceosom. Nya studier stöder hypotesen att snRNA-komponenterna i spliceosomen faktiskt katalyserar skarvning, vilket ger ett annat exempel på ribozymer.
d. U1 snRNP: Binder till 5′ skarva webbplats, och U1 RNA bildar en bas‑parad struktur med 5′ skarva webbplats.
e. U2 snRNP: binder till grenpunkten och bildar en kort rna-rna duplex., Detta steg kräver en hjälpfaktor (U2AF) och ATP-hydrolys, och förbinder pre-mRNA till splitsningsvägen.
f. U5 snRNP plus U4, U6 snRNP binder nu för att montera den funktionella spliceosom. Uppgifter tyder på att U4 snRNP dissocierar från U6 snRNP i spliceosome. Detta gör det möjligt för U6 RNA att bilda nya basparade strukturer med U2 RNA och pre-mRNA som katalyserar transesterifieringsreaktionen (fosfoesteröverföringar)., En modell är att U6 RNA parar med 5 ’skarvplatsen och med U2 RNA (som i sig är parat till grenpunkten), vilket ger grenpunkten en nära 5’ skarvplatsen. U5 RNA kan tjäna till att hålla ihop ändarna av de exoner som ska förenas.