Den första nationella flaggan i Peru bildades 1820, när José de San Martín kom med sin Armé av Anderna från Argentina och Chile., Den peruanska flaggan han designade kombinerade färgerna rött och vitt, sägs ha valts eftersom San Martín såg en flock flamingos ta vinge vid hans ankomst. Formen av flaggan var ovanlig-en diagonal division som bildar två vita och två röda trianglar med ett vapen i mitten. När lokala självständighetspartisaner etablerade sig, antogs en annan flagga den 15 mars 1822., Likheten mellan denna flagga (lika röda-vita-röda horisontella ränder med en röd sol, den traditionella emblem Inka riket, i centrum) till den för Spanien orsakade förvirring, och det var snart ändras (31 maj) till en flagga med vertikala ränder, men solen emblem kvar i centrum.
den 25 februari 1825 grundades den design som nu används. De röd-vit-röda vertikala ränderna från föregående flagga behölls, men solen ersattes av ett nytt vapensköld. Dess sköld är inramad av en krans (av palm-och laurelgrenar) och övervinnas av en annan., Skölden är uppdelad i tre delar med figurer som symboliserar nationell stolthet och rikedom. Vicuña, en fritt roaming camelid nära besläktad med lama och alpacka, är representerad i den första kvarteret; förutom att representera rikedomar peruanska fauna, står det för frihet, nationell stolthet och hjältemod. Den andra kvarteren har ett cinchona träd, vars bark används för att göra kinin. Slutligen visar den nedre halvan av skölden en cornucopia från vilken spiller guld och silvermynt, symboliskt för landets mineral rikedom., Dessutom sägs flaggans vita Rand att representera renhet, och det röda påminner om patrioternas blod. Liksom i ett antal andra länder visar civilflaggan som flygs av privata medborgare bara ränderna, vapenskölden är reserverad för flaggor som betjänar officiella (dvs. regeringen) ändamål.