i maj 1999, under Kosovokrisen, bombades den kinesiska ambassaden i Belgrad av misstag av NATO och utlöste stora antiamerikanska demonstrationer i Peking. Samma månad anklagades Kina av Förenta staterna för att stjäla nukleära designhemligheter som gjorde det möjligt för det att väsentligt påskynda sitt vapenprogram. Ändå undertecknades ett handelsavtal i November med USA som ledde till kinesiskt medlemskap (2001) i Världshandelsorganisationen. Även i November avancerade Kina sitt rymdprogram med testlanseringen av en obemannad rymdkapsel.,
förbindelserna med USA blev återigen spända i April., 2001, efter en kinesisk fighter och USA: s övervakning plan kolliderade i luften, dödade den kinesiska piloten. Tre månader senare undertecknade Ryssland och Kina ett vänskaps-och samarbetsavtal som delvis verkade som ett svar på G. W. Bush-administrationens vapenförsäljning till Taiwan och tryck för att utveckla ett ballistiskt missilförsvarssystem.
Från och med 2001 började det kinesiska Commmunistpartiet ännu en övergång, både i sitt medlemskap och ledarskap., Det året uppmanade Jiang Zemin partiet att rekrytera affärsmän som medlemmar och förklarade i Läran om de tre representerar att partiet måste representera kapitalister förutom arbetare och bönder. Följande år avgick Jiang som partiledare och ersattes av Hu Jintao. Hu ersatte Jiang som president 2003, och Wen Jiabao blev premiärminister. Jiang förblev dock extremt inflytelserik i både partiet och regeringen, och behöll sitt ordförandeskap för de mäktiga nationella och partimilitära kommissionerna fram till september., 2004.,
regeringens hantering 2003 av ett utbrott av SARS (allvarligt akut respiratoriskt syndrom) som började i S Kina skadade landets internationella bild när utbrottet gick orapporterat (och sedan underrapporterat), vilket gjorde det möjligt att sprida sig lättare. Allvarliga åtgärder som vidtagits senare för att bekämpa sjukdomen skadar tjänstesektorn i ekonomin, men i slutet av 2003 hade Kina upplevt en stark tillväxt på mer än 9% och en stor stadsbyggnadsboom, vilket delvis ledde till att landsbygdsinvånarnas migration till städerna (22 städer hade mer än 2 miljoner invånare)., År 2003 undertecknade Kina och Indien en gränspakt som innebar en stegvis förbättring av deras förbindelser, och två år senare krävde ett nytt avtal att gränsfrågor mellan de två nationerna skulle lösas. Under 2003 undertecknades också en handelspakt som gav Hongkongs företag större tillgång till Kinas marknader. I Oktober., 2003, Kina blev den tredje nationen att sätta en astronaut i omloppsbana när Shenzhou 5, bär Yang Liwei, lanserades.,
fortsatt kraftig ekonomisk tillväxt 2004 ledde till att regeringen införde en rad åtgärder för att bromsa tillväxten för att kontrollera inflationen och minska överinvesteringen. Även i 2004 blir förbindelserna med Taiwan mer ansträngda med omvalet av Chen Shui-bian, som hade uppmanat Taiwan att förklara formellt oberoende från Kina, som öns president. I Mar., 2005, Kina passerade en antisecessionslag som krävde användning av våld om fredliga medel misslyckades med att åstadkomma återförening med Taiwan.lagen utlöste protester i Taiwan., Samtidigt välkomnade Kina besök från taiwanesiska oppositionsledare, som lovade att följa mindre konfrontationella förhållningssätt till förbindelserna med fastlandet.
i början av 2005 ökade också spänningarna med Japan över hur japanska handlingar under andra världskriget behandlades i japanska läroböcker, över den möjliga utnämningen av Japan till ett permanent FN: s säkerhetsråds säte och över en omtvistad exklusiv ekonomisk zon i Östkinesiska havet. Frågorna utlöste ibland destruktiva demonstrationer i Kina. Under tiden, i Nov.,, 2004 undertecknade Kina ett frihandelsavtal med sydostasiatiska nationers förbund (Asean); enligt avtalet kommer tullar på många varor att elimineras med de rikare Asean-medlemmarna senast 2010 och med resten senast 2015. Handeln var också en fråga med USA, som i början av 2005 (och senare) uppmanade Kina att omvärdera sin valuta på grund av dess stora handelsobalanser med Kina, vars ekonomi fortsatte sin blomstrande tillväxt under det följande året., Spänningarna med Taiwan och Japan fortsatte också till 2006, och regeringen blev alltmer oroad över skillnaden mellan rikare urbana och fattigare landsbygdskina, som hade blivit ännu mer markerade sedan sekelskiftet och utlöste ett växande antal ibland våldsamma demonstrationer. Shanghais lokala Kommunistpartiledare, som också var medlem i politbyrån, avskedades i September., 2006, för korruption, men flytten sågs till stor del som en konsolidering av makten av President Hu snarare än ett samordnat försök att rensa ut korrupta tjänstemän.,
Nordkoreas test av ett kärnvapen i Oktober., 2006, betonade Kinas komplexa relationer med sin nordöstra granne. Även om Kina allmänt anses ha mer inflytande än någon annan nation med Nordkorea och invände mot testet, kunde det inte förhindra det. Kina var oroat över instabiliteten på Koreahalvön och en potentiell tillströmning av koreanska flyktingar till NE Kina och stödde en resolution som fördömde Nordkorea och införde sanktioner, men uttryckte reservationer om att söka efter nordkoreanska fartyg och annan handelstrafik., Kina pressade dock Norden att backa ner på att genomföra ett andra kärnvapenprov.
handelsförbindelserna med USA blev återigen problematiska 2007. Efter en extremt stark ekonomisk tillväxt 2006, som bidrog till Kinas enorma handelsöverskott och valutareserver, införde Förenta staterna, under ökande inhemska påtryckningar, tullar på vissa kinesiska varor och hävdade att varorna olagligt subventionerades. Kina fördömde flytten, som delvis visade sig ha gjorts på grund av Kinas motvilja mot att omvärdera sin valuta snabbare., I maj 2007 meddelade Kina att det skulle underlätta restriktioner lite på den dagliga fluktuationen av sin valuta, ett i stort sett symboliskt drag. Förbindelserna med USA komplicerades också av ett framgångsrikt kinesiskt antisatellit vapentest (Jan., 2007), som föreslog att Kina skulle kunna lamslå amerikanska navigations-och kommunikationssatelliter om amerikanerna hjälpte Taiwan i händelse av ett kinesiskt-taiwanesiskt krig.