en Missouriakrigare till vänster, målning av Karl Bodmer
rester av Missouria Gamla fortet vid Van Meter State Park
stammens muntliga historia berättar att de en gång bodde norr om de stora sjöarna. De började migrera söderut på 1500-talet. Vid 1600 bodde Missouria nära sammanflödet av Grand och Missouri floder, där de bosatte sig genom 1700-talet., Deras tradition säger att de delas upp från Otoe stam, som tillhör samma Chiwere gren av Siouan språket, på grund av en kärleksaffär mellan barn av två stamhövdingar.
1700-talet förde svårigheter till Missouria. Sauk och räv attackerade dem ofta. Deras samhälle stördes ännu mer av de höga dödsfallen från epidemier av smittkoppor och andra eurasiska infektionssjukdomar som åtföljde kontakt med européerna. Den franska upptäcktsresanden Jacques Marquette kontaktade stammen 1673 och banade väg för handel med fransmännen.,
Missouria migrerade väster om Missourifloden till Osage territory. Under denna tid förvärvade de hästar och jagade buffel. De fransmannen Étienne de Veniard, Sieur de Bourgmont besökte folket i början av 1720-talet. Han gifte sig med dottern till en Missouria chef. De bosatte sig i närheten, och Veniard skapade allianser med folket. Han byggde Fort Orleans 1723 som handelsplats nära dagens Brunswick, Missouri. Det var ockuperat till 1726.
år 1730 förstörde en attack av Sauk/Fox-stammen nästan Missouria och dödade hundratals., De flesta överlevande återförenades med Otoe, medan vissa gick med i Osage och Kansa. Efter ett utbrott av smittkoppor 1829 överlevde färre än 100 Missouria, och alla gick med i Otoe.
de undertecknade avtal med den amerikanska regeringen 1830 och 1854 för att avta sina länder i Missouri. De flyttade till Otoe-Missouria reservation, som skapats på den Stora Blå Floden vid Kansas-Nebraska gränsen. USA pressade de två stammarna till att ceding fler länder 1876 och 1881.
år 1880 delades stammarna i två fraktioner, prärievargen, som var traditionalister och kväkarna, som var assimileringister., Prärievargen bosatte sig på Iowa reservationen i Indian Territory. Kväkarna förhandlade fram en liten separat reservation på indiskt territorium. Av 1890 de flesta av Coyote bandet återförenas kväkarna på deras bokning. Enligt Dawes Act registrerades 1907 medlemmar av stammarna och tilldelades enskilda tomter per hushåll. USA förklarade något överskott kommunalt land av stammen som” överskott ” och sålde det till europeisk-amerikanska bosättare. Stammen samman med Otoe stammen.,
Curtis-lagen krävde upplösning av stamdomstolar och regeringar för att assimilera folket och förbereda territoriet för statehood, men stammen skapade sitt eget domstolssystem 1900. Missouria var främst bönder i början av 1900-talet. Efter att olja upptäcktes på deras land 1912 tvingade den amerikanska regeringen många av stammen av sina tilldelningar.