vid 22 års ålder gick Iwatani med i den japanska TV-spelutgivaren Namco 1977. Innan han hade anslutit sig hade Namco förvärvat rättigheterna till den japanska divisionen Atari, Inc. från Nolan Bushnell, ge dem rätt att distribuera många av företagets spel, såsom Breakout, över hela landet. Detta blev en aldrig tidigare skådad framgång för Namco, och gjorde dem intresserade av att producera sina egna videospel internt istället för att förlita sig på andra företag för att göra spel för dem. Iwatani tilldelades avdelningen för videospelsutveckling av företaget vid ankomsten., Han ville ursprungligen skapa flipperspel, men Namco Chefer avböjde idén på grund av patentrelaterade frågor. Som en slags kompromiss fick Iwatani skapa ett videospel baserat på begreppet pinball. Med hjälp av programmeraren Shigeichi Ishimura skapade Iwatani Gee Bee, släppt 1978. Även om det inte var så framgångsrikt som företaget hoppades, hjälpte Gee Bee Namco att få fotfäste på den gradvis växande videospelmarknaden. Två uppföljare släpptes 1979, Bomb Bee och Cutie Q, som Iwatani arbetat som designer.,
mot slutet av 1979 blev Iwatani besviken över videospelsindustrin och tänkte att marknaden bara appellerade till män genom användningen av våldsamma ”krig” – spel, som Space Invaders och sportspel som påminner om Pong. Han bestämde sig för att skapa ett videospel som appellerade till kvinnor, med söt, färgstark karaktärsdesign och lätt att förstå gameplay, baserat på begreppet att äta. I samarbete med ett litet team av nio anställda skapade Iwatani Pac-Man, test-marknadsförs den 22 maj 1980 och släpptes i Japan i juli och i Nordamerika i oktober., Även om det visade sig vara bara en måttlig framgång i Japan, som överträffades av Namcos egen Galaxian, var Pac-Man en astronomisk framgång i Nordamerika, snabbt sälja över 100.000 Arcade enheter och bli den mest sålda och mest inkomstbringande arkadspel genom tiderna. Pac-Man har sedan dess blivit Namcos mest framgångsrika videospel genom tiderna och företagets signaturtitel. Efter frisläppandet blev Iwatani befordrad inom Namco, och blev så småningom ansvarig för att övervaka företagets administration., Trots framgången med Pac-Man fick Iwatani ingen form av bonus eller löneförändring. En ofta upprepad historia är att Iwatani lämnade Namco rasande på bristen på erkännande eller tillägg till hans lön, vilket han har påstått vara falsk.
Iwatani fortsatte med att designa Libble Rabble 1983, en twin-stick pusselspel baserad på ett spel han hade spelat i sin barndom. Iwatani hävdar Libble Rabble att vara hans favoritspel. Han arbetade också som producent för många av Namcos arkadspel, inklusive Rally-X, Galaga, Pole Position, Ridge Racer och Time Crisis., Från April 2005 undervisade han om Karaktärsdesignstudier vid Osaka University of Arts som gästprofessor. Iwatani lämnade Namco i mars 2007 för att bli heltidslärare vid Tokyo Polytechnic University. Iwatani återvände till sina Pac-Man rötter i 2007 när han utvecklade Pac-Man Championship Edition för Xbox 360, som han säger är det sista spelet han kommer att utveckla.
den 3 juni 2010, på festivalen av spel, fick Iwatani ett certifikat från Guinness World Records för Pac-Man med de mest ”myntautomater” installerade över hela världen: 293,822., Rekordet sattes och erkändes 2005 och spelades in i Guinness World Records: gamers utgåva 2008.