Bonaparte bylo známo, že se připravuje na obnovenou válku, a dva dny před tím, než vypukla, Nelson, v Květnu 1803, dostal velení ve Středomoří, vyzdvihnutí jeho vlajku ve Vítězství. Opět byl k blokádě Toulonu, nyní s cílem zabránit setkání mezi francouzským lodí tam s těmi, na Brest v Atlantiku a po Španělsku vyhlásili válku Británii, se španělskou lodí z Cartageny a Cádiz., Kombinované síly, že velikost by mohla umožnit Bonaparte na invazi do Anglie; a na začátku roku 1805 Napoleon, který v předchozím roce byl korunován císařem, nařídil loďstva konvergovat pro tento účel. Francouzské a španělské eskadry byly k prasknutí přes Britskou blokádu; běh pro Západní Indii; a poté, co pustoší Britské majetky a obchod, návrat přes Atlantik v jediném neporazitelnou flotilu zničit Britské blízkosti Ushant, ostrově v Bretani, a převzít kontrolu nad Kanálem la manche, když to bylo přes invazní armáda 350 000.,
V březnu se admirál Pierre Villeneuve, který měl být v celkovém velení, vydal z Toulonu za špatného počasí a zmizel. Nelson vyrazil za pronásledováním. Villeneuve přerušil své útoky, ale jeho flotila byla zachycena a poškozena britskou eskadrou. Když nezískal kontrolu nad Lamanšským průlivem, běžel na jih do Cádizu.
Nelson dal do Gibraltaru, učinil dispozice pro blokádu Cádizu a vrátil se do Anglie., Během své 25 dní doma, on plánoval strategii pro konfrontaci s Francouzsko-španělské flotily, která se zdála nevyhnutelná; 34 nepřátelské lodě byly zavřené v Cádizu o menší čísla, pod velením Admirála Cuthbert Collingwood. Ačkoli Napoleon, opouštějící plán křížové invaze, začal přemístit velkou armádu, v Británii se nebezpečí invaze zdálo jako naléhavé jako vždy a Nelson se objevil v naději země.
když přišly jeho rozkazy, Nelson 15. Září se plavil ve vítězství. Nyní byl na vrcholu svých profesních schopností., Uctíván svými důstojníky i námořníky, byl přesvědčen, že jeho kapitáni pochopili jeho taktické myšlení tak dobře, že bude zapotřebí minimální konzultace. Na své 47. narozeniny večeřel 15 kapitánů v jeho vlajková loď, a nastínil své plány přivést o „pell-mell bitva“, ve kterém Britský dělostřelecký a ofenzivní duch by být rozhodující. Plánoval postup na francouzsko-španělské loďstvo ve dvou divizích, aby přerušil jejich linii a zničil je po částech. Toto bylo konečné opuštění tradičně rigidní taktiky boje v řadě bitvy.,
po obdržení Napoleonova rozkazu, že musí přerušit blokádu, Villeneuve 20. října vyplul z Cádizu. Za úsvitu následujícího dne byly francouzsko-španělské flotily siluety proti východu slunce u mysu Trafalgar a Britové začali tvořit dvě divize, ve kterých měli bojovat, jednu vedenou Nelsonem, druhou Collingwoodem. Když se nepřátelské flotily zavřely, Nelson vydal svůj slavný signál: „Anglie očekává, že každý člověk splní svou povinnost.,“Bitva u Trafalgaru zuřil na svého největšího po Vítězství, a francouzský sniper, střelba z stěžni Redoutable, střílel Nelson přes rameno a hrudník. Byl přenesen dolů k chirurgovi a brzy bylo jasné, že umírá. Když řekl, že bylo přijato 15 nepřátelských lodí, odpověděl: „To je dobře, ale vyjednal jsem 20.“Thomas Hardy, jeho kapitán vlajky, políbil na rozloučenou čelo a Nelson promluvil jeho poslední slova,“ teď jsem spokojen. Díky Bohu, splnil jsem svou povinnost.,“
ačkoli vítězství Trafalgar konečně učinilo Británii bezpečnou před invazí, bylo v té době zastíněno zprávou o Nelsonově smrti. Země plná zármutku mu dala majestátní pohřeb v katedrále svatého Pavla a jeho popularita byla zaznamenána v nesčetných památkách, ulicích a hostincích pojmenovaných po něm a nakonec v zachování vítězství v Portsmouthu. Emma Hamilton a jeho dcera však byli ignorováni. Emma zemřela, téměř opuštěná, v Calais o devět let později., Horatia, ukazující odolnost svého otce, se oženil s duchovním v Norfolku a stal se matkou velké a robustní rodiny.