Bonaparte oli tiedossa valmistautuu jälleen sota, ja kaksi päivää ennen kuin se puhkesi, Nelson, Toukokuussa 1803 annettiin komento Välimeren, nosto hänen lippu Voittoon. Hänen oli jälleen määrä saartaa Toulon, jonka tarkoituksena oli nyt estää siellä Brestissä Atlantilla olevien ranskalaisten alusten kohtaaminen ja Espanjan julistettua sodan Britannialle espanjalaisten laivojen kohtaaminen Cartagenasta ja Cádizista., Yhdistetyn voima, että koko voisi hyvin mahdollistaa Bonaparte hyökkäämään Englantiin, ja aikaisin 1805 Napoleon, joka edellisenä vuonna oli kruunasi itsensä keisari määräsi laivastojen yhtyvät tähän tarkoitukseen. Ranskan ja espanjan laivueet olivat räjähtää läpi Britannian saarto; ajaa Länsi-intiaan, ja sen jälkeen tuhosi Britannian omaisuus ja kauppa, paluu Atlantin yli yhden voittamaton laivasto tuhota Britannian lähellä Ushant, saari Bretagnen edustalla, ja hallita englanti Channel, kun se ylitti hyökkääviä armeija 350 000.,
maaliskuussa kenraalikuvernöörinä toiminut amiraali Pierre Villeneuve karkasi Toulonista huonon sään turvin ja katosi. Nelson lähti takaa-ajoon. Villeneuve keskeytti sotatoimet, mutta brittien laivue pysäytti hänen laivastonsa ja vaurioitti sitä. Hän ei saanut Englannin kanaalia hallintaansa, vaan juoksi etelään Cádiziin.
Nelson pisti Gibraltarille, teki luovutuksia Cádizin saartamiseksi ja palasi Englantiin., Aikana hänen 25 päivää kotona, hän suunnitteli strategian yhteenottoon Ranskan ja espanjan laivastot, että näytti väistämättömältä; 34 vihollisen aluksia lukittiin Cádiz, joita pienempiä numeroita Amiraali Cuthbert Collingwood. Vaikka Napoleon, luopumista suunnitelma cross-Channel-hyökkäys, alkoi uudelleen Grand Army, Britanniassa vaara hyökkäys näytti painamalla kuin koskaan, ja Nelson ilmestyi maan toivossa.
kun hänen käskynsä tulivat, Nelson purjehti 15.syyskuuta voittoon. Hän oli nyt ammattilaisvoimiensa huipulla., Sekä upseerien että merimiesten palvomana hän luotti siihen, että hänen kapteeninsa ymmärsivät hänen taktisen ajattelunsa niin hyvin, että tarvittaisiin mahdollisimman vähän kuulemista. Hänen 47. syntymäpäivänsä hän aterioi 15 kapteenit hänen lippulaiva ja hahmotellut suunnitelmiaan tuo on ”mullin mallin taistelu”, jossa Britannian tykistön ja loukkaavaa henki olisi ratkaiseva. Hän suunnitteli etenevänsä ranskalais-espanjalaisiin laivastoihin kahdessa divisioonassa rikkoakseen niiden linjan ja tuhotakseen ne pala palalta. Tämä oli lopullinen luopuminen perinteisesti jäykästä taktiikasta taistella taistelulinjassa.,
saatuaan Napoleonilta käskyn, että hänen täytyy murtaa saarto, Villeneuve purjehti Cádizista 20.lokakuuta. Aamunkoitteessa seuraavana päivänä, Ranskan ja espanjan laivastot olivat silhouetted vastaan auringonnousua pois Cape Trafalgar, ja Britit alkoivat muodostaa kaksi divisioonaa, jotka he olivat taistella, yksi johti Nelson, muut Collingwood. Kun vastakkaiset laivastot sulkeutuivat, Nelson antoi kuuluisan signaalinsa: ”Englanti odottaa, että jokainen ihminen täyttää velvollisuutensa.,”Trafalgarin taistelu riehui hurjimmillaan voiton ympärillä, ja ranskalainen tarkka-ampuja ampui Nelsonia mastosta olkapäähän ja rintaan. Hänet kannettiin alapuolella kirurgille, ja pian oli selvää, että hän oli kuolemassa. Kun hänelle kerrottiin, että 15 vihollisalusta oli vallattu, hän vastasi: ”Se on hyvä, mutta olin sopinut 20.”Lippukapteeninsa Thomas Hardy suuteli otsaansa jäähyväisissä ja Nelson lausui viimeiset sanansa:” nyt olen tyytyväinen. Luojan kiitos, olen tehnyt velvollisuuteni.,”
vaikka Trafalgarin voitto lopulta teki Britanniasta turvallisen maihinnousun, se jäi tuolloin Nelsonin kuolinuutisen varjoon. Maa raastava suru antoi hänelle majesteettinen hautajaisiin St. Paulin Katedraali, ja hänen suosionsa oli kirjattu lukemattomia monumentteja, kadut, ja majatalot nimetty hänen mukaansa, ja, lopulta, säilyttämisessä Portsmouth Voiton. Emma Hamilton ja hänen tyttärensä jäivät kuitenkin vaille huomiota. Emma kuoli lähes varattomana Calais ’ ssa yhdeksän vuotta myöhemmin., Horatia, osoittaa hänen isänsä sietokykyä, naimisissa pappi Norfolk ja tuli äiti iso ja tukeva perhe.