Es war bekannt, dass Bonaparte sich auf einen erneuten Krieg vorbereitete, und zwei Tage vor seinem Ausbruch erhielt Nelson im Mai 1803 das Kommando im Mittelmeer und hisste seine Flagge im Sieg. Wieder einmal sollte er Toulon blockieren, jetzt mit dem Ziel, ein Rendezvous zwischen den französischen Schiffen dort mit denen in Brest im Atlantik und, nachdem Spanien Großbritannien den Krieg erklärt hatte, mit spanischen Schiffen aus Cartagena und Cádiz zu verhindern., Eine kombinierte Kraft dieser Größe könnte Bonaparte durchaus in die Lage versetzen, in England einzudringen; und Anfang 1805 befahl Napoleon, der sich im Vorjahr zum Kaiser gekrönt hatte, den Flotten, sich zu diesem Zweck zusammenzuschließen. Die französischen und spanischen Geschwader sollten die britische Blockade durchbrechen; für Westindien laufen; und nachdem sie britische Besitztümer und Handel verwüstet hatten, kehren Sie in einer einzigen unbesiegbaren Flotte über den Atlantik zurück, um die Briten in der Nähe von Ushant, einer Insel vor der Bretagne, zu zerstören und die Kontrolle über den Ärmelkanal zu übernehmen, während sie von einer eindringenden Armee von 350,000 durchquert wurde.,
Im März brach Admiral Pierre Villeneuve, der das Gesamtkommando führen sollte, bei schlechtem Wetter aus Toulon aus und verschwand. Nelson machte sich auf den Weg zur Verfolgung. Villeneuve verkürzte seine marodierenden, aber seine Flotte wurde von einem britischen Geschwader abgefangen und beschädigt. Da er die Kontrolle über den Ärmelkanal nicht gewann, rannte er nach Süden nach Cádiz.
Nelson wurde nach Gibraltar gebracht, verfügte über die Blockade von Cádiz und kehrte nach England zurück., Während seiner 25-Tage zu Hause plante er die Strategie für die Konfrontation mit den französisch-spanischen Flotten, die unvermeidlich schien; 34 feindliche Schiffe wurden in Cádiz in geringerer Zahl unter Admiral Cuthbert Collingwood blockiert. Obwohl Napoleon, der den Plan einer kanalübergreifenden Invasion aufgab, begann, die Große Armee wieder einzusetzen, schien in Großbritannien die Gefahr einer Invasion so drängend wie immer, und Nelson schien die Hoffnung des Landes zu sein.
Als seine Befehle kamen, segelte Nelson am 15. Er war jetzt auf dem Höhepunkt seiner beruflichen Kräfte., Er wurde von seinen Offizieren und Seeleuten gleichermaßen verehrt und war zuversichtlich, dass seine Kapitäne sein taktisches Denken so gut verstanden, dass ein Minimum an Beratung erforderlich wäre. Geburtstag speiste er 15 Kapitäne in seinem Flaggschiff und skizzierte seine Pläne, eine „Pell-Mell-Schlacht“ zu führen, in der britisches Geschütz und offensiver Geist entscheidend sein würden. Er plante, in zwei Divisionen auf die französisch-spanischen Flotten vorzurücken, um ihre Linie zu brechen und sie stückweise zu zerstören. Dies war die endgültige Aufgabe der traditionell starren Taktik des Kampfes in der Kampflinie.,
Nachdem er Napoleons Befehl erhalten hatte, die Blockade zu brechen, segelte Villeneuve am 20. Im Morgengrauen am nächsten Tag, die französisch-spanischen Flotten waren gegen den Sonnenaufgang vor dem Kap Trafalgar Silhouette, und die Briten begannen, die beiden Divisionen zu bilden, in denen sie kämpfen sollten, eine von Nelson geführt, die andere von Collingwood. Als sich die gegnerischen Flotten schlossen, machte Nelson sein berühmtes Signal: „England erwartet, dass jeder Mann seine Pflicht tun wird.,“Die Schlacht von Trafalgar tobte am heftigsten um den Sieg, und ein französischer Scharfschütze, der vom Mast des Redoutable schoss, schoss Nelson durch Schulter und Brust. Er wurde unten zum Chirurgen getragen, und es war bald klar, dass er starb. Als ihm gesagt wurde, dass 15 feindliche Schiffe genommen worden seien, antwortete er: „Das ist gut, aber ich hatte 20 verhandelt.“Thomas Hardy, sein Flaggenkapitän, küsste sich zum Abschied die Stirn und Nelson sprach seine letzten Worte: „Jetzt bin ich zufrieden. Gott sei Dank habe ich meine Pflicht getan.,“
Obwohl der Sieg von Trafalgar Großbritannien endgültig vor einer Invasion sicher machte, wurde es zu dieser Zeit von der Nachricht von Nelsons Tod überschattet. Ein Land voller Trauer gab ihm eine majestätische Beerdigung in der St. Paul ‚ s Cathedral, und seine Popularität wurde in unzähligen Denkmälern, Straßen und Gasthäusern, die nach ihm benannt waren, und schließlich in der Erhaltung des Sieges in Portsmouth verzeichnet. Emma Hamilton und seine Tochter wurden jedoch ignoriert. Emma starb, fast mittellos, neun Jahre später in Calais., Horatia, die die Widerstandsfähigkeit ihres Vaters zeigte, heiratete einen Geistlichen in Norfolk und wurde Mutter einer großen und stabilen Familie.