Bonaparte era noto per essere in preparazione per la guerra rinnovata ,e, due giorni prima che scoppiasse, Nelson, nel maggio 1803, è stato dato il comando nel Mediterraneo, issando la sua bandiera nella Vittoria. Ancora una volta doveva bloccare Tolone, ora con l’obiettivo di impedire un incontro tra le navi francesi lì con quelle di Brest nell’Atlantico e, dopo che la Spagna dichiarò guerra alla Gran Bretagna, con le navi spagnole da Cartagena e Cadice., Una forza combinata di quelle dimensioni potrebbe consentire a Bonaparte di invadere l’Inghilterra; e all’inizio del 1805, Napoleone, che l’anno precedente si era incoronato imperatore, ordinò alle flotte di convergere a questo scopo. Gli squadroni francesi e spagnoli dovevano sfondare il blocco britannico; correre per le Indie Occidentali; e dopo aver devastato i possedimenti e il commercio britannico, tornare attraverso l’Atlantico in una singola flotta invincibile per distruggere gli inglesi vicino a Ushant, un’isola al largo della Bretagna, e prendere il controllo del Canale della Manica mentre era attraversato da un esercito invasore di 350.000.,
In marzo, l’ammiraglio Pierre Villeneuve, che doveva essere al comando generale, uscì da Tolone sotto la copertura del maltempo e scomparve. Nelson partì all’inseguimento. Villeneuve interruppe il suo saccheggio, ma la sua flotta fu intercettata e danneggiata da uno squadrone britannico. Non riuscendo a conquistare il controllo del Canale della Manica, corse a sud fino a Cadice.
Nelson entrò a Gibilterra, prese disposizioni per il blocco di Cadice e tornò in Inghilterra., Durante i suoi 25 giorni a casa, pianificò la strategia per lo scontro con le flotte franco-spagnole che sembrava inevitabile; 34 navi nemiche furono bloccate a Cadice da un numero minore sotto l’ammiraglio Cuthbert Collingwood. Anche se Napoleone, abbandonando il piano di un’invasione attraverso la Manica, iniziò a ridistribuire la Grande Armata, in Gran Bretagna il pericolo di invasione sembrava più pressante che mai, e Nelson apparve la speranza del paese.
Quando arrivarono i suoi ordini, Nelson il 15 settembre salpò nella Vittoria. Ora era al culmine dei suoi poteri professionali., Adorato sia dai suoi ufficiali che dai suoi marinai, era sicuro che i suoi capitani comprendessero così bene il suo pensiero tattico che sarebbe stato richiesto il minimo di consultazione. Al suo 47 ° compleanno ha cenato 15 capitani nella sua nave ammiraglia e delineato i suoi piani per portare su una” battaglia pell-mell ” in cui gunnery britannico e spirito offensivo sarebbe stato decisivo. Progettò di avanzare sulle flotte franco-spagnole in due divisioni per rompere la loro linea e distruggerle frammentarie. Questo fu il definitivo abbandono delle tattiche tradizionalmente rigide di combattere in linea di battaglia.,
Dopo aver ricevuto l’ordine di Napoleone di rompere il blocco, Villeneuve, il 20 ottobre, salpò da Cadice. All’alba del giorno successivo, le flotte franco-spagnole si stagliarono contro l’alba al largo di Capo Trafalgar, e gli inglesi iniziarono a formare le due divisioni in cui dovevano combattere, una guidata da Nelson, l’altra da Collingwood. Mentre le flotte avversarie si chiudevano, Nelson fece il suo famoso segnale: “L’Inghilterra si aspetta che ogni uomo faccia il suo dovere.,”La battaglia di Trafalgar infuriò al suo più feroce intorno alla Vittoria, e un cecchino francese, sparando dall’albero del Redoutable, sparò a Nelson attraverso la spalla e il petto. Fu portato sotto al chirurgo, e presto fu chiaro che stava morendo. Quando gli fu detto che erano state prese 15 navi nemiche, egli rispose: “Va bene, ma avevo patteggiato per 20.”Thomas Hardy, il suo capitano di bandiera, baciò la fronte in segno di addio e Nelson pronunciò le sue ultime parole: “Ora sono soddisfatto. Grazie a Dio, ho fatto il mio dovere.,”
Anche se la vittoria di Trafalgar alla fine ha reso la Gran Bretagna al sicuro dall’invasione, è stato, al momento, oscurato dalla notizia della morte di Nelson. Un paese tormentato dal dolore gli diede un maestoso funerale nella Cattedrale di St. Paul, e la sua popolarità è stata registrata in innumerevoli monumenti, strade e locande che portano il suo nome e, infine, nella conservazione a Portsmouth della Vittoria. Emma Hamilton e sua figlia, però, sono stati ignorati. Emma morì, quasi indigente, a Calais nove anni dopo., Horatia, mostrando la resilienza di suo padre, sposò un ecclesiastico a Norfolk e divenne madre di una famiglia numerosa e robusta.